Предварительно Игнатий убедился в подлинности обстоятельств чудесного исцеления Николая перед иконой Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». 3 декабря 1894 г. Игнатий с братией пустыни освятил первую квартиру для умственно отсталых детей, с марта 1891 г. по 1894 г. выкупил весь дом, где произошло явление Богородицы (Б. Белозерская ул., д. 1). По его духовному завещанию (10 октября 1897 г.) дом передали «под устройство приюта для малолетних хроников, паралитиков и... припадочных и увечных». В год кончины Игнатия при доме была устроена церковь в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». В 1901 г. Н. Грачёв принял монашеский постриг и священный сан в Троице-Сергиевой пустыни. С 1906 г. иеромонах Николай (Грачёв; ум. в 1919 г.) служил в церкви приюта, которым управляла его сестра Екатерина Константиновна Грачёва, ставшая основоположницей отечественной олигофренопедагогики. Игнатий отличался аскетизмом, нестяжанием, приветливостью, терпел недостатки ближних. Игнатий был награждён несколькими орденами, в том числе орденом св. Анны первой степени к 25-летию настоятельства (1883 г.). После Пасхи 1897 г. Игнатий участвовал в работах по ремонту придела во имя архангела Михаила и заболел. Его духовник иеромонах Варлаам (Никифоров) исповедал, причастил и соборовал умирающего; Игнатий благословил братию и духовных чад. 15 мая его посетил протоиерей Иоанн Кронштадтский, прочёл разрешительную молитву из канона на исход души. Отпевание совершили архиепископ Финляндский и Выборгский Антоний (Вадковский) и епископ Гдовский Назирий (Кириллов). Игнатий был похоронен в нижнем храме Воскресенского собора, на солее перед левым клиросом. Над захоронением была поставлена мраморная гробница с надписью: «Твой есмь аз, спаси мя». Во время разрушения собора в конце 1940 – начале 1950 гг. останки Игнатия, как полагают исследователи, не были потревожены. Осенью 1996 г. в ходе археологических работ их обнаружили, перенесли для поклонения в церковь во имя Сергия Радонежского возрождаемой Троице-Сергиевой пустыни. Небольшой портрет-ремарка Игнатия есть на гравированном изображении Игнатия (Брянчанинова) работы Льва Евграфовича Дмитриева-Кавказского (1882 г., Российская государственная библиотека). Существовали отдельные отпечатки ремарок. Другой портрет Игнатия помещён в издании: «Русские деятели в портретах», издано редакцией исторического журнала «Русская старина» (СПб., 1886 г., Российская государственная библиотека).