Трактат «Искусство контрапункта» («Ars contrapuncti»; после 1340 г.), материал которого считается менее авторизованным, тем не менее, показывает большую осведомлённость Иоанна де Муриса в области музыкальной композиции (несмотря на сомнение некоторых исследователей в том, что эта область интересовала Иоанна де Муриса). К числу трудов Иоанна де Муриса исследователи относят также трактат, не имеющий надписания автора, но упоминаемый в списке его сочинений в одной из рукописей. Текст начинается со слов «Все люди» («Omnes homines») и имеет заголовок «Три книги о музыкальном искусстве» («Tres libri artis musices»). Первая книга называется «Теоретическая музыка» («Theorica musice»), вторая – «Мензуральная музыка» («Musica mensurabilis»), третья – «О музыке в церкви» («De musica in ecclesia»). По мнению Михельса, в проблематике, лексике и манере изложения этого трактата прослеживается связь с «Познанием...» и «Компендиумом...», что может свидетельствовать о создании этого труда в 1320 гг. (данный трактат мало исследован и не издан). Труды Иоанна де Муриса оказали огромное влияние на музыкальную теорию XIV–XV вв. (в частности, на Просдоцимуса де Бельдемандиса, Иоанна Тинкториса и др.). Благодаря Иоанну де Мурису ритмическая система Ars nova и отражающая её мензуральная теория и нотация получили импульс для дальнейшего развития. Иоанну де Мурису приписывают изоритмический двухголосный мотет Иоанну Крестителю (сохранился фрагментарно в рукописи), атрибуция которого подвергается сомнению, поскольку его надписание неразборчиво. Тенор мотета имеет начальные слова «Valde honorandus est beatus Johannes» («Весьма должен чествоваться блаженный Иоанн»). Главный труд Иоанна де Муриса по математике – «Сочинение о числах» в четырёх книгах («Quadripartitum opus numerorum»; 1343 г.) – основан на ряде источников, включая исследования Фибоначчи (Леонардо Пизанского). Влияние научно-методологических основ математики прослеживается во всех музыкально-теоретических трактатах Иоанна де Муриса. Музыка им трактовалась как «наука о звуке, соотнесённом с числом и наоборот». Иоанн де Мурис подчёркивал, что мензуральная музыка особенно подвержена законам чисел, т.к. занимается измерением протяжённости звука посредством временной единицы измерения (tempus). Работы Иоанна де Муриса по астрономии посвящены планетным и солнечному циклам, проблемам календаря, в них содержатся математические расчёты затмений и равноденствий. Самый ранний текст Иоанна де Муриса «Авторы календаря» («Auctores calendarii»; 1317 г.) также посвящён хронологии. Учёный оставил несколько работ по астрологии.