С дозволения царя Петра I они возобновили преподавание латинского языка детям из знатных семей в школе при католической общине, вскоре здесь стали преподавать немецкий язык и математику. Несмотря на протесты местоблюстителя патриаршего престола митрополита Стефана (Яворского), выступавшего против нахождения в школе иезуитов русских дворян, в ней обучалось около 30 человек, в том числе князья Голицыны и Куракины, бояре и дворяне Апраксины, Головкины, Нарышкины, Мусины-Пушкины и др. В московской школе иезуитов обучался дворянский сын Алексей Юрьевич Ладыженский, который, выехав за границу, в 1710 г. перешёл в католичество, в 1718 г. вступил в орден иезуитов и в 1733 г. в Вильно был рукоположён в сан пресвитера. В 1735 г. он был арестован русскими войсками и заключён в Петропавловскую крепость в Санкт-Петербурге. После безрезультатных увещаний со стороны Святейшего Синода в 1737 г. А.Ю. Ладыженского приговорили к ссылке в Тобольск. В 1743 г. он был переведён в Нижний Новгород, где в следующем году перешёл в православие, принял монашеский постриг с именем Александр и в 1756 г. скончался в нижегородском Благовещенском монастыре. Пётр I разрешил иезуитам посещать католиков в Азове, Воронеже, Санкт-Петербурге, Архангельске, Казани и Астрахани, а также дозволил построить в 1707 г. каменную католическую церковь Святой Троицы в Немецкой слободе в Москве. Во время Северной войны в 1705 г. русские войска сопровождал пресвитер-иезуит Илия Броджо, служивший капелланом при фельдмаршале Георге Бенедикте Огильви и пользовавшийся расположением Петра I. В том же году царь сообщил, что ему известно о пребывании в Москве иезуитов под видом католических священников, «но так как эти славные мужи живут на пользу всем, с любовью обучают юношей и всем нравятся, то я охотно терплю и держу их в Москве». 8 октября 1706 г. по ходатайству австрийского императора Иосифа I и при посредничестве Броджо Пётр I официально разрешил деятельность иезуитов в России и беспрепятственный проезд католических миссионеров в Китай через Россию. С 1713 г. пастырским окормлением католиков в Санкт-Петербурге занимались иезуиты из Литовской провинции пресвитеры Даниил Зеровский, Михаэль Энгель и Джузеппе Мартинетти. В 1719 г., в период осложнения отношений с австрийским императорским двором, которое было вызвано бегством в Австрию царевича Алексея Петровича, иезуиты, сохранявшие статус австрийской миссии и замешанные в интриге с бегством царевича, были изгнаны из России. В указе Петра I от 18 мая 1719 г. им вменялись в вину миссионерская деятельность и «совращение в католицизм» учеников их школ (в отчёте иезуитов за 1709 г. указывалось больше десяти случаев перехода в унию, это число явно исследователи считают заниженным, поскольку не учитываются тайные обращения в католичество).