«Тридентский индекс» имел силу закона в Римско-католической церкви до конца XIX в., неоднократно переиздавался с некоторыми изменениями и дополнениями. В издании 1603 г. к списку запрещённых авторов, перечисленных в первом классе, дополнений больше не делалось, зато во втором классе вместо перечисления запрещённых трудов того или иного автора при его имени ставилось «opera omnia» (лат. – «все сочинения»). В издании «Индекса запрещённых книг» 1664 г., согласно булле папы Александра VII «Speculatores», используемое ранее деление запрещённых книг на три класса отменялось: попавшие в «Индекс запрещённых книг» авторы и сочинения перечислялись теперь в алфавитном порядке. Включение какой-либо книги в «Индекс запрещённых книг» осуществлялось на основании специальных декретов Конгрегации инквизиции или Конгрегации индекса (создана в 1571 г.), а также папских документов. Согласно постановлениям Тридентского собора, еретические книги, осуждённые церковью до 1515 г., книги по предсказаниям, гаданию, магии рассматривались как запрещённые, даже если конкретное название не упоминалось в «Индексе запрещённых книг». Папа Бенедикт XIV конституцией «Sollicita ac provida» (9 июля 1753 г.) уточнил правила цензуры и запрещения книг: сочинения должны были изучаться секретарём Конгрегации индекса и как минимум двумя экспертами, которые назначались анонимно. В случае расхождения мнений назначался третий эксперт. При принятии решения эксперты могли исходить лишь из общего учения католической церкви и не имели права опираться на частные позиции различных школ и течений в рамках католичества. В случае обнаружения тезисов, противоречащих католическому вероучению или морали, составленный экспертами отчёт передавался консультантам Конгрегации. Окончательное принятие решения о запрещении того или иного сочинения и о его включении в «Индекс запрещённых книг» возлагалось на членов Конгрегации индекса, а потом утверждалось папой Римским. Католическим авторам, чьи сочинения впервые оказывались под угрозой запрета, предоставлялась возможность высказаться в защиту своей позиции. Если автор выражал готовность исправить указанные ошибки, то решение о запрете сочинения и включении его в «Индекс запрещённых книг» откладывалось с формулировкой «donec corrigatur» (лат. – «до тех пор, пока не будет исправлено»). «Индекс запрещённых книг», обязательный для всех католиков, реально действовал, главным образом, в Италии, Испании и Португалии. Вопрос о внесении тех или иных сочинений в «Индекс запрещённых книг» нередко становился причиной конфликтов между странами и даже внутри Римской курии, иногда эти решения отменялись. На первом Ватиканском соборе (1869–1870 гг.) звучали требования пересмотреть общие принципы составления «Индекса запрещённых книг», однако никаких решений по этому вопросу принято не было.