В 1942 г. Глуховское лесничество передало монастырю больницу с Крестовоздвиженской церковью и двухэтажный архиерейский корпус, в котором устроили кельи, трапезную, кухню, просфорню. Библиотека насчитывала около 600 книг. Глинская пустынь содержалась на пожертвования прихожан; при поступлении в обитель насельники приносили кто что мог (продукты, одежду, домашних животных). Не хватало одежды, обуви, литургии совершали в лаптях. Часто на трапезе вместо хлеба была варёная свёкла. В 1943 г. Глинская пустынь получила от Сосновского сельского совета 5 га болотистой земли, которую использовали под огород; зерновые не сеяли. Весной 1947 г. Шалыгинский райсовет выделил Глинской пустыни около 10 га земли, на которых сеяли овёс, просо, ячмень, кукурузу, фасоль. К 1947 г. в Глинской пустыни было две лошади, два вола, три коровы, бык, устроена пасека на 14 ульев. Братия соблюдала строгий богослужебный устав, во многом благодаря опытному уставщику, слепому иеросхимонаху Никодиму (Калиушу; ум. в 1953 г.). В 4 часа утра служили полунощницу, утреню, затем следовали третья и шестая песни канона, читались святоотеческие поучения и Пролог, первый час. В 7 часов 30 минут читался акафист Спасителю, в субботу – Божьей Матери. В 9 ч. совершалась литургия, с 11 часов – требы. В 16 часов начиналась вечерня, в 18 часов – повечерие с канонами. После вечернего правила встречи и разговоры не допускались. Келейное правило давалось старцем, обычно включало Евангелие, Апостол, Псалтирь, пятисотницу с земными и поясными поклонами. На келейную молитву перед утренней службой насельники вставали в 2 часа ночи. Воскресные и праздничные богослужения начинались в 16 часов малой вечерней, с 18 часов до 1 часа ночи служилось всенощное бдение. В 6 часов начиналась воскресная или праздничная полунощница, затем соборный Акафист Пресвятой Богородице, часы и литургия, которая оканчивалась в 13 часов. По праздникам звонили в маленькие колокола и подвешенные рейки. Как и прежде, кадили кациями, с «гробницею» на плечах. Пение совершалось двумя клиросами на гласы и подобны. Левый клирос придерживался распевов Глинской пустыни, правый – обихода и распевов Киево-Печерской лавры. В храме монахи стояли отдельно от богомольцев, в особой комнате. В 1940–1950 гг. в Глинской пустыни сохранялась традиция старчества. При схиархимандрите Серафиме братским духовником был схиигумен Антоний (Ветер), затем – архимандрит Антоний (Прохода), схиархимандрит Серафим (Романцев), благочинным – иеросхимонах Иов (Полхов), затем – схиархимандрит Андроник (Лукаш). С середины 1940 гг. в Глинской пустыни подвизались архимандриты Тихон (Беляев), Артемий (Миньковский), Антоний (Прохода), иеросхимонахи Иов (Полхов), Пётр (Дробязка), Мелетий (Шечко), Алексий (Заярный) и др.