В последней части книги И.Я. Грисбах полемизирует со сторонниками иных вариантов решения синоптического вопроса, обсуждая ряд пассажей более подробно. Пропуски Марком «важных мест» из других синоптических Евангелий он пытается объяснить тем, что Марк стремится к краткости. Марк сокращал многое, что не имеет отношения к общественному служению Иисуса Христа (например, рассказы о Его Рождестве и детстве), опустил большие части речей Христа (например, Нагорную проповедь) и всё, что содержит детальные описания иудейских реалий того времени, по его мнению неинтересных для читателей (множество ссылок на Ветхий Завет в Евангелии от Матфея). На возражение, что его гипотеза противоречит раннехристианской традиции, согласно которой Евангелие от Марка отражает проповедь апостола Петра, И.Я. Грисбах утверждал, что данная традиция исторически недостоверна и что в тексте Евангелия от Марка нет того, что в действительности проповедовал апостол Пётр, тем более что в раннехристианской литературе содержится и мнение, что первоначально были написаны «Евангелия с родословиями» (т.е. Евангелия от Матфея и от Луки), а потом те, которые не содержат родословий Иисуса Христа (от Марка и от Иоанна). Отвечая на то, что повествование Марка было бы недостаточным или никогда не получило бы статуса апостольского Евангелия, если бы оно не было бы написано до Евангелия от Матфея (предполагается, что краткое Евангелие более раннее), И.Я. Грисбах писал, что Марк создал Евангелие с целью дать ответ на вопросы своих читателей, а критерии, по которым ранние общины присваивали Евангелиям апостольский авторитет, неизвестны. На возражение о том, что допущение приоритета Евангелия от Марка дало бы лучшее объяснение взаимозависимости синоптических Евангелий, И.Я. Грисбах, принимающий традиционное авторство всех Евангелий, отвечает, что тогда было бы непонятно, для чего Матфей, апостол и очевидец, пользовался источником, написанным автором, не присутствовавшим во время событий. Гипотеза И.Я. Грисбаха получила распространение в XIX в., её принимали Г.Э.Г. Паулус, В.М.Л. Де Ветте, Ф.К. Баур, Д.Ф. Штраус и др. Во второй половине XX в. она вновь получила много сторонников. Как богослов И.Я. Грисбах занимал умеренно консервативную позицию. В догматической работе «Anleitung zum Studium der populären Dogmatik» («Введение в изучение популярной догматики») он разделял основные предпосылки богословского супранатурализма, в то же время его лекции «Vorlesungen über die Hermeneutik des NT», изданные посмертно в 1815 г. в Нюрнберге, отражали влияние на него авторитетной в этот период историко-грамматической школы. И.Я. Грисбах – автор большого количества библейско-богословских трактатов, в самом объёмном из них, изданном Иоганном Филиппом Габлером (1753–1826 гг.) под названием «Opuscula academica» (Jena, 1824–1825 гг.), он критикует ортодоксальное протестантское учение за утверждение о непосредственной богодухновенности текста Нового Завета.