Сотворённый мир как «противоположение» (Contraposition), по его мнению, есть реализация в акте творения Божественного «Не-Я-представления». Антон Гюнтер считал, что в мире обнаруживают себя два противоположных принципа: душа (Seele), являющая собой природный принцип (Naturprinzip), и дух (Geist); в единой личности человека они соединены, поэтому человек есть единство тела, души и духа. В 1852 г. началось расследование о соответствии его трудов католическому вероучению. В начале 1857 г. работы Антона Гюнтера были осуждены и внесены в «Индекс запрещённых книг» (декрет Конгрегации индекса от 8 января 1857 г.). Гюнтер покорился решению, но его ученики продолжили пропаганду доктрины. Папа Пий IX (1846–1878 гг.) обнародовал послание к архиепископу Кёльнскому кардиналу Иоганну фон Гейселю «Eximiam tuam» (от 15 июня 1857 г.) с резким осуждением «гюнтерианства»: учения о единстве Божественной сущности в трёх ипостасях, об ипостасном единении двух природ во Христе, о творении и человеке, а также рационалистического метода и формы изложения учения Гюнтера. Однако гюнтерианство вскоре нашло много приверженцев, особенно среди католического духовенства Вюртемберга, Австрии, рейнских провинций. В университетах и епископских семинариях его учение распространяли его ученики: Кноодт в Бонне, Мертен в Триесте, Лёве в Праге, Кнауэр, Каулих и др. Органом гюнтерианства был журнал «Lydia: Philosophisches Jahrbuch», где Гюнтер выступал против Руге, Фейербаха и других радикалов. В своих остроумных и полных сарказма сочинениях, напоминающих немецкого сатирика Жан Поля (1763–1825 гг.), наносил удары гегелевской философии и противникам своего учения (доставалось и схоластикам Средних веков и Нового времени). Католическая церковь отвергла учение Гюнтера. 30 апреля 1860 г. посланием Пия IX «Dolore haud mediocri» были осуждены труды его ученика, канонника Иоганна Баптиста Бальцера (1803–1871 гг.), развивавшего учение Гюнтера о душе. Некоторые из последователей Гюнтера перешли в протестантизм, большинство доживших до первого Ватиканского собора примкнули к старокатоликам. Последние годы философ провёл в глубоком уединении, в самых стеснённых обстоятельствах. Новое издание его сочинений вышло в Вене в 1881 г. Его сочинение «Anti-Savarese», написанное против папского прелата Саварезе, критиковавшего философию Антона Гюнтера как логический антропоморфизм, издано П. Кноодтом в 1883 г.