Нантский эдикт не предусматривал деятельность ассамблей гугенотов, Генрих IV рассматривал разрешение на проведение собраний как временную милость. Хотя после смерти Генриха IV (14 мая 1610 г.) эдикт был подтверждён регентшей Марией Медичи и впоследствии королями Людовиком XIII (1610–1643 гг.) и Людовиком XIV (1643–1715 гг.), полностью он не был реализован. Прежде всего, не выполнялись статьи о сохранении за гугенотами военных крепостей. В правление кардинала Ришелье, который видел в гугенотах источник оппозиции, после ряда успешных походов (1620–1628 гг.) была ликвидирована гугенотская республика на юге страны. Участие, принятое гугенотами в 1627 г. в нападении англичан с моря на побережье Франции, послужило для правительства сигналом к началу действий. К январю 1628 г. была осаждена крепость Ла-Рошель, Ришелье руководил кампанией, и в октябре город капитулировал (около 15 тыс. жителей умерли от голода). В 1629 г. уничтожены последние очаги сопротивления гугенотов в горных районах Лангедока. «Эдиктом милости» в Але (современный Алес; 1629 г.) подтверждались гражданские и религиозные права гугенотов, но упразднялась их политическая организация, гугенотские крепости были возвращены французскому королю. В 1665 г. началось новое наступление на права гугенотов: их побуждали перейти в католичество, новообращённым разрешалось не платить долгов их бывшим единоверцам, в течение двух лет они освобождались от выплаты налогов. В 1677 г. открылась «касса обращения», каждому перешедшему в католическую веру гугеноту выплачивалась премия: дворянину до 3 тыс. ливров, простолюдину – 6 ливров. В 1681 г. было дано разрешение обращать в католичество детей в возрасте от 7 лет, и их стали силой отнимать от упорствовавших родителей. Гугенотам запрещалось состоять на государственной службе, заниматься финансовой деятельностью, быть юристами, врачами, учителями, разрешалось хоронить покойников втайне, только ночью. В 1684 г. в Беарне, Лангедоке, Пуату (местностях, где большинство населения составляли гугеноты) разместили «миссионеров в сапогах», т.е. на постой поставили драгун, которым в домашней обстановке дозволялось всеми способами, вплоть до насилия и пыток, обращать жителей в католичество. В октябре 1685 г. действие Нантского эдикта было отменено. К этому времени, по мнению Людовика XIV, «лучшая и большая часть наших подданных, принадлежащая к реформированной церкви, была вновь обращена в католическую веру», и, таким образом, «служивший этой цели Нантский эдикт и всё, что было принято в интересах реформированной религии, оказались бесполезными». По новому закону реформатская вера объявлялась нетерпимой во Франции. Все гугенотские пасторы должны были оставить королевство в течение двух недель. Другие же лица, наоборот, не имели права выезда, за намерение или попытку выезда из страны ссылались на галеры (мужчины) или заключались в тюрьму и лишались имущества (женщины).