М.И. Горчаков высказывался против контроля Государственной думы за внутрицерковной жизнью. 9 февраля 1907 г. удостоен митры. Был награждён орденами св. Анны третьей (1883 г.) и первой (1900 г.) степени и св. Владимира четвёртой (1890 г.) и второй (1904 г.) степени. В числе знаков внимания высочайших особ получил бриллиантовый перстень от императора Александра III (1884 г.), золотые кресты с украшениями от великой княгини Екатерины Михайловны (за 25-летнее преподавание Закона Божия в Мариинском институте) и от императрицы Марии Феодоровны  (за 32-летнюю службу в том же институте). Избран почётным членом Юрьевского университета, Санкт-Петербургской духовной академии (1899 г.) и Киевской духовной академии, Русского астрономического общества и Владимирской учёной архивной комиссии, членом-сотрудником Вольного экономического общества. Будучи председателем, почётным и пожизненным членом основанного им Общества вспомоществования бывшим воспитанницам Мариинского института и почётным членом Общества вспомоществования нуждающимся учащимся в Костромской духовной семинарии, занимался благотворительностью. В 1868–1903 гг. являлся директором Санкт-Петербургского тюремного комитета, в 1884–1887 гг. – председателем эмеритальной (пенсионной) кассы духовенства Санкт-Петербургской епархии. М.И. Горчаков отпевал в 1877 г. Николая Алексеевича Некрасова, был знаком с писателями и публицистами Фёдором Михайловичем Достоевским, Николаем Семёновичем Лесковым, Андреем Александровичем Краевским, Юрием Фёдоровичем Самариным, священником Александром Васильевичем Гумилевским. В числе его учеников – канонисты Владимир Николаевич Бенешевич, Николай Семёнович Суворов, П.П. Соколов. В 1879 г. М.И. Горчаков овдовел, воспитывал пятерых детей. В последние годы проживал в служебной квартире на Новоисаакиевской ул. (современная ул. Якубовича), где и скончался от «паралича сердца». Завещал не возлагать на его могилу венков и не говорить речей, передать в библиотеку Санкт-Петербургского университета издания по юриспруденции, истории, богословию (2448 томов). Отпевание и заупокойную литургию совершал 9 августа 1910 г. в церкви во имя св. апостолов Петра и Павла при университете епископ Вениамин (Казанский) в присутствии епископа Нарвского Никандра (Феноменова) и в сослужении настоятелей Петропавловского, Адмиралтейского и Исаакиевского соборов. Гроб с телом М.И. Горчакова сопровождала процессия во главе с Вениамином. Похоронен на Волковском православном кладбище (могила сохранилась).