С 13 мая 1893 г. – заслуженный ординарный профессор университета по кафедре церковного права, в 1899 г. выступил в защиту студентов во время волнений в университете. М.И. Горчаков подготовил развёрнутые рецензии для Академии наук на сочинения Алексея Степановича Павлова (1832–1898 гг.) «Номоканон при Большом требнике» (1874 г.), священника Константина Никольского «Анафематствование в древней Церкви» (1881 г.) и Илариона Алексеевича Чистовича (1828–1893 гг.) «Санкт-Петербургская духовная академия за последние 30 лет (1858–1888 гг.)»; рецензировал также труды по истории Русской церкви синодального периода Тимофея Васильевича Барсова (1836–1904 гг.), Стефана Григорьевича Рункевича (1867–1924 гг.), Алексея Александровича Завьялова (1861–1907 гг.). Многие статьи и рецензии М.И. Горчакова были напечатаны в «Журнале гражданского и уголовного права», «Русской старине», «Санкт-Петербургском Духовном вестнике» («О предбрачных оглашениях», 1899), «Сборнике государственных знаний» под ред. Владимира Павловича Безобразова («Научная постановка церковно-судного права», 1876; «Греческие Номоканоны», 1879), «Церковных ведомостях», «Юридической летописи» («Была ли учреждена инквизиция в Восточной Церкви», 1891 – возражение Владимиру Сергеевичу Соловьёву; «Критический анализ главнейших учений об отношении между Церковью и государством», 1878), «Русском энциклопедическом словаре» Ильи Николаевича Березина, в журналах и газетах. М.И. Горчаков являлся одним из главных сотрудников газеты «Голос», помещал в ней статьи по богословию, юриспруденции, географии, библиографии и истории. Василий Осипович Ключевский (1841–1911 гг.) отмечал, что «о. Горчаков больше описывает, чем исследует, большей частью ограничивается сопоставлением простых фактов и реже входит в их внутренний анализ или подвергает их обобщению». Однако и он признавал ценность научных трудов М.И. Горчакова, отличающихся привлечением большого числа источников и беспристрастностью. За три диссертации М.И. Горчаков был трижды удостоен от Академии наук Уваровской премии (1869, 1872, 1883 гг.). 7 декабря 1902 г. он был избран членом-корреспондентом Академии наук по отделению истории и филологии разряда историко-политических наук. Конспекты лекций М.И. Горчакова по церковному праву с 1869 г. до 1900 гг. многократно издавались студентами (литографическим способом). Церковное право он считал, прежде всего, юридической, а не богословской дисциплиной, уделял внимание изучению не только его истории, но и истории византийского гражданского права. При этом, по мнению М.И. Горчакова, «религия, как способность и потребность духовной человеческой природы, есть одна из необходимых деятельных и производительных сил права в обществе и государстве», является «основою и силою деятельного человека в частной, гражданской, общественной и государственной жизни, приводимой правом в определённый порядок».