В Слове в Неделю о расслабленном и в день рождения императора Александра II, произнесённом в Исаакиевском соборе, он писал: «Вера в Бога есть единственный источник и первооснова совершеннейшей нравственности человеческой, частной и общественной», она «наполняет своим содержанием право». В ходе обсуждения реформы церковного суда М.И. Горчаков придерживался мнения, что из его ведения должны быть совершенно исключены уголовные и гражданские дела. Он считал необходимым преодолеть бюрократическое и «церковно-иерократическое» понимание канонического права и создать церковно-общественное судное право и власть, независимую во внутреннем её строе от государства и основанную на правилах Вселенской церкви. М.И. Горчаков выступал против ограничений в правах снявших сан священнослужителей, возражал против надзора епархиальных властей за преподаванием в университете церковного законоведения, называл себя «конституционным монархистом» и «либералом 60-х гг.», считался «западником». Однако ему не был свойствен радикализм. Во время войны 1877–1878 гг. за освобождение славян он проповедовал: «Вся отечественная история неопровержимо свидетельствует, что православная вера и Церковь Русская никогда и ни в каком случае не отступают от русской народности и от судеб русского государства. …Торжество Отечества – всегда и торжество нашей Церкви». В ответ на мнение о необходимости создания «общего церковного капитала» на дело народного образования путём секуляризации монастырских средств он высказал предположение, что «употребление» такого фонда «чиновниками государственными отнюдь не лучше хозяйственного управления тех церковных установлений, от которых перешли капиталы». 14 марта 1892 г. из-за болезненного состояния М.И. Горчаков был уволен со службы в Мариинском институте с оставлением за штатом, правом служения и преподавания в профессорской должности. В эти годы он проживал при институте. 23 сентября 1905 г. был назначен настоятелем Почтамтской церкви во имя св. Двенадцати апостолов в Санкт-Петербурге, которая стала пользоваться известностью среди столичной интеллигенции. Тогда же определён в комиссию для предварительных работ по вопросам, подлежащим рассмотрению предстоящим Поместным собором. М.И. Горчаков стал активным участником деятельности группы петербургских священников (так называемой «группы 32-х»), ратовавшей за церковные реформы. Они представили митрополиту Антонию (Вадковскому) записку, составленную в духе церковного либерализма; в отзывах архиереи отвергли представленные предложения. В 1906 г. М.И. Горчаков был введён в Предсоборное Присутствие Русской православной церкви, избран Синодом в члены Государственного совета от белого духовенства. В Государственном совете ходатайствовал об установлении для петербургских почтальонов и телеграфистов дня отдыха в каждые две недели, заботился об увеличении содержания нижних служителей.