К письму были приложены «богословские пропозиции» из сочинений Феофана в форме 11 тезисов. На случай принесения Прокоповичем «покаяния» был приложен и «образец отрицания». Для придания большей авторитетности всему делу была добыта «конклюзия» и от учёных греков братьев Лихудов, которые признали тезисы Феофана еретическими. Ловкому Феофану не стоило большого труда доказать, что взятые из его сочинений «артикулы» или «искажены», или православны. «Пристыженный» Яворский «униженно просил прощения» и кричал, что «следует судить» Феофилакта и Гедеона. После малодушного отступления патрона Феофилакту и Гедеону оставалось только смириться. «Через медиацию» Невского архимандрита Феодосия Яновского (1673–1726 гг.) они подали доношение, будто «того противного мудрования в богословии Феофана не видали». Они с большой натяжкой заявляли, что «оные пропозиции» они представили «не с намерением обиды чьей или помешательства к степени архиерейской, но просто в рассуждение предложили». Для рассеяния «происшедшего из того на них мнения, якобы на Преосвященного архиепископа сочинивших», Феофилакт и Гедеон «прощения у него просили и получили». Митрополит Стефан неизменно благоволил к Гедеону и в 1721 г. хотел назначить его архимандритом своего Нежинского Назаретского монастыря, но 7 мая 1722 г. Гедеон был назначен ректором Московской академии и архимандритом Заиконоспасского монастыря. Тотчас после назначения ректором Гедеон приготовил доклад Синоду о состоянии академии и «правила партикулярные ради лучшего чина Академии Московской». Он хлопотал о пожаловании Академии «привилия или грамоты учения и вольности подтверждающей, такожде ректора, учителей, их жалование и прочая на пример иностранных Академий означающей, дабы могла чим в предбудучим летом защищатися». Гедеон заботился и о материальном обеспечении академии. Уже 22 июня 1722 г. он ходатайствовал о приписке к Заиконоспасскому монастырю «для честного пропитания» Иосифова Волоколамского, Венева или Высоцкого монастыря, но получил Серпуховской Владычный монастырь. Вскоре оказалось, что от этого монастыря нельзя иметь «честного пропитания», и в 1724 г. Гедеон, хотя и безрезультатно, ходатайствовал о приписке к Заиконоспасскому Возмицкого монастыря. Для обеспечения учащих Гедеон в 1725 г. добился, чтобы жалованье им выдавалось деньгами, а не «сибирскими и прочими казёнными товарами». В бытность в Московской академии Гедеон составил в 1714 г. похвальное слово посланникам Шафирову, Толстому и Бестужеву, в 1719 г. – латинскую «похвалу» князю Дмитрию Кантемиру, а в 1724 г. – «песнь приветственную» Петру II и «конклюзию» на коронацию Екатерины, одобренную Синодом для напечатания; тогда же он вместе с учителями «измышлял» эмблемы для триумфальных ворот. Бывший уже в 1726 г. кандидатом в епископы, Гедеон 1 июня 1728 г., конечно, при содействии сильной тогда в Синоде партии врагов Прокоповича, получил Смоленскую кафедру и 19 июня был посвящён в епископы. С воцарением Анны, Прокопович сделался вершителем церковных дел. Все его враги один за другим были опутаны интригами, лишены сана и сосланы в заточение. Мстительный Феофан не забыл протеста Гедеона, и, пока был жив Феофан, карьера Гедеона висела на волоске. Есть известие, что Феофан прямо предложил Гедеону оставить епархию, но получил смелый ответ: «Пою Богу моему, дондеже есмь». Но Гедеону всё-таки пришлось испытать, что значит иметь своим врагом Прокоповича. В 1731 г. возникло дело о «чуде Шелбицком», раздутое Феофаном и надолго лишившее Гедеона покоя. В ноябре 1730 г. бывший в параличе католик Шукеевич исцелился от иконы Богоматери в деревне Шелбицах Смоленского уезда, в доме помещика Азанчеева.