Строгими мерами Гедеон «успел пресечь разноверие» и обратил в православие «почти всех владельцев польских фамилий». Но и усердные к православию шляхтичи доставляли много огорчений своему епископу. Шляхтичи считали себя хозяевами в устроенных ими в своих поместьях церквах, и многим из них было «заобычно бой и ругательство над духовными персонами чинить». Они обращались со священниками как с крепостными, «били и мучили их тиранским смертным боем, дубинами, тростями, плетьми, травили собаками». Гедеон прибегал к увещанию таких помещиков, но нередко шляхтичи «на суд не являлись и ещё бранили Преосвященного скверными словами». Оскорбленный «презрением архиерейского многократного увещания», он отлучал ослушников от церкви не только единолично, но и «вседомовно», за что в 1730 г., в бытность Феофана главой Синода, получил внушение «впредь по партикулярным делам никого от Церкви не отлучать». Только в царствование благочестивой Елизаветы и светское правительство поддержало епископа в борьбе с разнузданностью шляхты: в 1747 г. по делу бригадира Швыйковского Сенат предписал «командирам над Смоленской шляхтой накрепко смотреть, дабы никто из шляхты отнюдь не дерзал чинить священнослужителям таких продерзостей, какие чинил Швыйковский». Для борьбы с католичеством и вообще для поднятия значения духовенства Гедеон считал необходимым «школы в Смоленске завесть, учеников учить латинского, французского и немецкого языков, а которые похотят быть во священниках, тех и греческого языка». Заведённая до него в Смоленске школа была им постепенно обращена в семинарию с полным курсом; были учреждены и низшие школы в Дорогобуже, Белом, Рославле и Торопце. Для семинарии было построено пять корпусов при Авраамиеве монастыре, главным образом, на средства архиерейского дома, т.к. из казны было дано только 500 рублей. С 1728 г. «священно-церковнослужительские дети от 8 до 20 лет и выше все неотходно повсегодно брались в учение» под страхом наказания плетьми и отцов-укрывателей. Попечение Гедеона о семинарии и о духовенстве вообще особенно сказалось во время жестокого «разбора» духовенства в 1736 г. для определения «излишних» клириков в военную службу. Он протестовал против неосмотрительной отдачи в солдаты церковников и особенно учеников духовных школ и называл это «преобижением Церкви». Гедеон указывал на то, что при разборе, производимом с крайней прямолинейностью, без внимания к интересам духовенства, клирики «могут все побежать за рубеж..., а приходские люди все останутся без пения, молитв и священнодействия и могут пойти за рубеж к униатским попам и от них принять святые тайны с великим душевредством». В случае же забора в солдаты семинаристов, Гедеон предвидел, что «учение в школах прекратится..., и малолетние могут потерять охоту и прилежание к учению и будут бегать из школ, мняще, что и они возьмутся в службу военную» подобно их старшим товарищам, забранным в солдаты «по многолетном учении». Гедеон писал, ссылаясь на привилегии Московской Академии: «Аще по сему примеру и ученики Смоленских школ освобождены были от службы воинской, в том великая Высочайшая милость была бы на сии школы». Он был строг к духовенству и нещадно бил плетьми и за пьянство, и за неслужение в царские дни не только священников, но и настоятелей монастырей. Под плети у него мог попасть и мирянин, как это случилось с одним крестьянином, причастившимся без исповеди, причём виновный должен был по воскресеньям стоять при входе церковном «с надписью над головою на картке его вины». Пишут, что «при строгости келейной жизни Гедеон имел обыкновение во внешности показывать всю важность и превосходство своё». Он находил время заниматься и трудами историческими, составил «Историческое Описание города Смоленска», напечатанное впоследствии в «Северном Архиве» за 1828 г., и «Дополнение к Истории Московской Академии» («Вивлиофика», XVI). Умер Гедеон 2 февраля 1761 г. на 83-м году жизни и был погребён в Смоленском кафедральном Успенском соборе.