Схема размещения композиций соответствует византийской системе росписи и имеет следующие общие черты: в центральной апсиде в конхе – Деисус, ниже – святительский чин, в северной апсиде – Богоматерь с Младенцем в Чарыклы-килисе (тип «Умиление»), в южной – полуфигура архангела Михаила (в Каранлык-килисе – праведный Авраам, ниже – Мандилион). Центральный купол занимает изображение Пантократора, в парусах – четыре евангелиста (в Каранлык-килисе в парусах: в медальонах – Фома, Фаддей, Филипп и Прохор, а изображения евангелистов перенесены в люнеты, примыкающие к северной апсиде); в малых куполах – погрудные изображения архангелов, названных по именам (в Эльмалы-килисе в двух куполах южного рукава – сонм летящих ангелов; изображение в куполе западного рукава Христа на троне в мандорле в окружении ангелов – часть композиции «Вознесение», размещённой в люнете западной стены). На внутренних поверхностях подпружных арок Каранлык-килисе и Эльмалы-килисе находятся изображения пророков. Евангельские сюжеты размещены в верхних зонах – в люнетах и на сводах, изображения святых – в нижних зонах стен; наиболее подробная иконографическая программа – в Каранлык-килисе. Инициатива создания росписей Чарыклы-килисе, по мнению Тьерри, принадлежит представителям самой старой из владетельных анатолийских семей – Мелисенов. Церковь была построена как реликварий, по мнению исследователей, для частицы Креста Господня, т.к. в иконографическую программу росписи помещены три композиции, связанные с темой поклонения Кресту: на западной стене изображены три донатора, поклоняющиеся Кресту в руках седовласого старца, в надписи Крест назван драгоценным; на южной стене – Крест несёт тот же персонаж, идущий к донаторам Феогносту, Леону и Михаилу; на юго-восточной стене, примыкающей к южной апсиде, под композицией «Сошествие во ад», расположенной в люнете, – фигура того же седовласого старца с Крестом, на коне. Рядом с изображениями Креста – фрагменты молитв донаторов на греческом языке. Самая многочисленная группа донаторов (семь портретов) сохранилась в Каранлык-килисе: в апсиде, в композиции Деисус, у ног Христа – священник Никифор и Вассиан; на южной стене наоса, по сторонам от архангела Михаила представлены два донатора, каждый со свечой в руке; напротив, на северной стене, рядом с архангелом Гавриилом – фрагменты изображения головы молодого человека; в нартексе образы энталматика Иоанна и Генетлия включены в композицию «Отослание апостолов на проповедь». Во фресках четырёхколонных храмов получило отражение стилистическое направление в византийской живописи, последовавшее за искусством второй четверти XI в.: исчезла монументальность образов, прежде суровый облик святых приобрёл более мягкие черты и был наделён повышенной эмоциональностью. Перемены в образной структуре изменили художественный язык: пропорции стали более естественными, конечности – соразмерными, лики – комниновского типа, с характерно изогнутыми носами, разнообразится палитра, – всё это отличает росписи четврёхколонных храмов от памятников предшествующего периода и ставит их в ряд произведений раннекомниновского искусства.