Возобновились строительные работы в московском во имя святителя Иоанна Златоуста и Новоиерусалимском в честь Воскресения Господня монастырях. С 1749 г. было разрешено постригать в монахи учеников духовных семинарий, а с 1761 г. – выходцев из всех сословий. Прекратились «разборы» духовенства и отсылка «безместных» церковнослужителей в армию. В 1757 г. состоялась первая в XVIII в. канонизация: указом Святейшего Синода был причислен к лику святых Ростовский митрополит Димитрий Савич (Туптало). Елизавета Петровна не собиралась ликвидировать синодальную систему и принципиально менять сложившееся церковное законодательство. В апреле 1742 г. архиепископ Амвросий (Юшкевич) вместе с Ростовским митрополитом Арсением (Мацеевичем) представил императрице проект, в котором предложил упразднить Коллегию экономии и обер-прокурорскую должность, а также восстановить патриаршество. Однако Елизавета Петровна согласилась лишь возвратить управление церковными и монастырскими имениями и их доходами в ведение Синода (позже императрица собиралась снова передать управление церковными вотчинами светским властям, но не успела сделать это). В 1744 г. она запретила Синоду принимать окончательные решения по бракоразводным делам дворян, следовало, «учиня надлежащее производство с ясным показанием своего мнения, для конфирмации представлять её императорскому величеству». Указом Синода от 9 июля 1744 г. было унифицировано епархиальное управление, органы управления при правящих архиереях стали называться духовными консисториями. Указы 1741–1742 гг. предписывали обратить все строившиеся лютеранские кирхи в православные храмы и запрещали армянское богослужение. В 1742 и 1744 гг. объявлялось о высылке из империи евреев, за исключением принявших крещение. Переход в православие лиц других вероисповеданий всячески поощрялся. 20 января 1742 г. Елизавета Петровна стала крёстной матерью трёх персов и двух турок, крестившихся в Царском Селе. Сообщения о переходе в православие протестантов и католиков императрица приказывала рассылать по всему государству. При Елизавете Петровне активно работала Комиссия новокрещенских дел, которая ведала миссионерской деятельностью в Поволжье. Было крещено большое количество чувашей, марийцев, удмуртов, мордвы. С 1742 г. Сенат повелел прекратить разрешённую раньше запись «в раскол». Старообрядцам было запрещено именоваться староверами, их официально называли раскольниками, им предписывалось носить кафтаны с красным воротником-козырем. Усилился контроль за повседневной жизнью подданных. Развивая разделение духовной и светской цензуры, в 1743 г. Елизавета Петровна установила правило печатать книги с «богословскими терминами» с разрешения Синода, а остальные – Сената. Появились указы о запрещении «писать и печатать как о множестве миров, так и о всём другом, вере святой противном и с честными нравами несогласном». Однажды обер-прокурор Синода Я.П. Шаховской получил от императрицы выговор за то, что в одной из новых церквей «на иконостасе в место, где по приличности надлежало быть живо изображённым ангелам, поставлены разные наподобие купидонов болваны».