В этой ситуации игумен Стефан решил вывезти святыни и ценности, среди которых были иконы Божьей Матери «Фанеромени» и «Древний Предтеча», в свободную от турок Грецию. Во время загрузки корабля ночью 23 декабря 1821 г. внезапно поднялся шторм, и корабль унесло в море, в то время как большая часть имущества и семь из числа сопровождавших его монахов остались на пристани. После упорной борьбы со стихией монахам удалось чудесным образом доставить на борт в шлюпке обе чтимые иконы. Сначала монахи поселились на острове Порос, где расположили к себе местных жителей после молебна перед десницей Иоанна Предтечи об исчезновении саранчи. Но взятие турками острова вынудило монахов переселиться на остров Закинф (Ионические острова), где они прожили четыре года на подворье своего монастыря. Ещё полтора года они жили на другом подворье монастыря Дионисия, на острове Скопелос, и 6 июня 1830 г., после почти десятилетних скитаний, вернулись на Афон. За это время в разных местах Греции погибли 30 монахов монастыря Дионисия, ещё десять были казнены турками в 1822 г. в тюрьме «Белая башня» в Фессалонике по обвинению в содействии восстанию. Оставшиеся в монастыре Дионисия 14 монахов во главе с новым игуменом Евлогием терпели издевательства турецкого гарнизона. На молодых монахах турки возили дрова, как на мулах, а пожилые ушли на конак монастыря Дионисия в Карею. После возвращения братии в монастырь возникли некоторые уставные разногласия по причине различного образа монашеской жизни во время вынужденных странствий и плена. Духовная жизнь на Афоне, где в это время находились беженцы, в том числе женщины и дети, а также строители, восстанавливающие разрушенные монастыри, пришла в упадок. Константинопольский патриарх Константин I Мудрый (1830–1834 гг.) был вынужден призвать афонские монастыри к установлению традиционного порядка (обращение от 30 сентября 1830 г.). В 1884–1885 гг. были обновлены обветшавшие постройки монастыря Дионисия, начало застраиваться пространство ближе к руслу потока Аэропотамос. По всему периметру был воздвигнут дополнительный этаж. Общая сумма расходов на строительство составила свыше 1,1 тыс. золотых турецких лир. Пожары 1908, 1918, 1924 и 1945 гг. практически уничтожили лесные угодья рядом с монастырём, а от наводнения 1911 г. в числе других обителей сильно пострадало подворье монастыря Дионисия Моноксилит. Монастырь Дионисия был задуман своим основателем преподобным Дионисием как общежительный монастырь и утверждён в этом качестве патриаршим указом 1389 г. В середине XVI в. обитель перешла на особножительный (или идиоритмический) устав, но в 1616 г. возвратилась к первоначальному устроению. Однако с середины XVII в. монастырь снова был вынужден, в первую очередь, по экономическим причинам, жить по смешанному, общежительно-особножительному уставу. Строго общежительный устав официально возобновился в монастыре Дионисия указом Константинопольского патриарха Каллиника V (1801–1806, 1808–1809 гг.) в 1805 г. Благодаря традициям строгого устава и особенностям местоположения монастырь Дионисия называют также Аскитомонастирион (подвижнический монастырь).