Помимо св. врат в южном прясле есть передние ворота, в северном – задние ворота. К западу от св. врат в линию стены в последней трети XVII в. встроено двухэтажное здание братских келий (второй этаж частично деревянный). Оно многократно перестраивалось, наличники, внутренние перекрытия и планировка не сохранились. Около 1700 г. на средства дочери Чаплина Акулины Семёновны Нарышкиной близ задних ворот была построена одноглавая каменная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Антиминс на престол храма был выдан в августе 1702 г. В местном ряду иконостаса Покровского храма находился образ апостола Иоанна Богослова, написанный для храма XVII в., древняя же икона, видимо, почитаемая в монастыре, к тому времени была перенесена в Борисоглебский собор. Впоследствии при Покровской церкви были выстроены больничные кельи, но первоначально она, по мнению исследователей, задумывалась как вторая тёплая церковь монастыря. В описи 1714 г. деревянная двойная больничная келья показана отдельно, вне связи с Покровской церковью. Пристроенные к церкви две кельи упомянуты лишь в смете Ивана Фёдоровича Мичурина 1740 г., из которой следует, что всего через сорок лет после постройки Покровская церковь обветшала (Российский государственный архив древних актов). В описи 1764 г. каменные двухэтажные кельи «с чуланами и с сеньми длиною на 4 и шириною на 3-х саженях» представлены более подробно, тогда же Покровская церковь именуется больничной. Она уже не использовалась по назначению «за ветхостию расседающихся каменных сводов и за ветхостию в ней святых икон». В трапезной Покровской церкви были временно сложены дела из архива Дмитровской воеводской канцелярии, пострадавшей во время городского пожара в мае 1764 г. В 1779 г. игумен Иаков хотел возобновить церковь на собственные средства и потребовал от Московской губернской канцелярии забрать архив, но его скоропостижная кончина в марте 1780 г. нарушила эти планы. В июне 1789 г. Дмитровский монастырь заключил подряд на ремонт бывших больничных келий, где между прочим было оговорено, что надо «на старой Покровской церкве главу кирпишную разобрать всю вплоть до крышки». Новый подряд, заключённый в 1791 г., предусматривал разборку алтаря Покровской церкви и превращение её в гражданскую постройку; именно таким безликим зданием с четырёхскатной крышей она предстаёт на панораме города из атласа 1800 г. В 1801 г. в него было переведено Дмитровское духовное правление и духовное училище.