Во время монастырской реформы 1764 г. Бабаевский монастырь «по уважению» к находящейся в нём чудотворной иконе святителя Николая не был закрыт, его отнесли к сверхштатным обителям. В 1790 г. игумен Филагрий ввёл в монастыре общежительный устав. В 1780 – начале 1790 гг. в обители жил монах Авель Прорицатель. В 1791–1797 гг. в Никольском храме монастыря были устроены новые приделы и переосвящён главный престол верхнего храма. К началу XIX в. на первом этаже Никольского храма были престолы: центральный – во имя святителя Николая, правый – во имя Иоанна Златоуста, левый – во имя Сергия Радонежского; на втором этаже: центральный – в честь Иверской иконы Божьей Матери, правый – во имя Святой Троицы, левый – во имя епископа Армении Григория (небесного покровителя князя Григория Александровича Потёмкина, владевшего обширными имениями близ монастыря и около 1790 г. пожертвовавшего в обитель частицу мощей святителя Николая), и святителя Алексия, митрополита Московского. В 1798 г. с запада к храму пристроили трёхъярусную колокольню в стиле классицизма. При настоятеле архимандрите Анастасии (Щепетильникове; 1810–1824 гг.) в Бабаевском монастыре велось активное каменное строительство: в 1809–1814 гг. над св. вратами была построена одноглавая Успенская церковь, в 1813–1816 гг. увеличен корпус настоятельских и братских келий, по концам которого возвели две трёхэтажные башни; в 1819–1821 гг. выстроена одноглавая бесстолпная церковь Иоанна Златоуста (так называемая больничная, возведённая при здании епархиальной больницы, переведённой в монастырь в 1817 г.); в 1817–1823 гг. был возведён пятиглавый четырёхстолпный Никольский храм. В 1820 гг. численность братии достигла 70 человек. В 1830 г. в монастыре поселился вышедший на покой Костромской епископ Самуил (Запольский-Платонов), впоследствии погребённый в монастырской церкви Иоанна Златоуста. В 1849 г. по указу императора Николая I обители выделили 150 десятин леса в Буйском уезде. Особый период в жизни Бабаевского монастыря связан с именем Игнатия (Брянчанинова), епископа Кавказского и Черноморского. Епископ Игнатий впервые посетил монастырь в 1847 г. и провёл здесь год. Выйдя на покой, ходатайствовал перед императором Александром II о предоставлении ему Бабаевского монастыря в управление. Ходатайство это было удовлетворено, и 13 октября 1861 г. Игнатий приехал в монастырь. В июне 1862 г. в Бабаевском монастыре на правах богомольца поселился его родной брат Пётр Александрович Брянчанинов, бывший ставропольский губернатор. Благодаря Игнатию в 1860 гг. в жизни обители произошли крупные перемены.