В 1919 г. монастырь был закрыт, бо́льшую часть его строений передали под детский дом, на базе монастырского хозяйства был создан совхоз «Революция». Братии удалось зарегистрироваться как приходской общине села Бабайки, и фактически обитель просуществовала ещё девять лет. В это время в ведении общины оставались два храма – Никольский и Иоанна Златоуста. В июне 1928 г. Костромской губисполком постановил ликвидировать религиозную общину в селе Бабайки и передать оба её храма детскому дому. В 1929 г., после закрытия храмов, главная святыня монастыря (чудотворный образ святителя Николая) была перенесена в кафедральный собор Костромы (ныне образ находится в костромской церкви Воскресения на Дебре), судьба других святынь (Иверской иконы Божьей Матери и частицы мощей святителя Николая) исследователям неизвестна. В 1928 г. в Костроме началось строительство железнодорожного моста через Волгу, и «в виду недостатка» кирпича и щебня для его сооружения Костромской окрисполком в июне 1930 г. постановил разобрать Никольский храм, колокольню, стены и башни бывшего Бабаевского монастыря. Полученные кирпич и щебень на баржах отправляли в Кострому на строительство моста, движение по которому открылось 1 мая 1932 г. Летом 1940 г. был взорван Иверский собор (из его кирпича построили баню в посёлке Красный Профинтерн). Из монастырских построек сохранились несколько жилых корпусов и лишённая главы церковь Иоанна Златоуста (в ней был оборудован учебный класс). С сентября 1941 г. в монастыре размещался госпиталь для раненых, с августа 1945 г. – детская трудовая колония, с 1952 г. – областной детский костнотуберкулёзный санаторий. В послереволюционное время несколько раз менялась административно-территориальная принадлежность бывшего монастыря. В 1929 г. село Бабайки с обителью вошли в состав Ивановской области, в 1935 г. – в состав Большесольского района (с 1938 г. в связи с переименованием Больших Солей в Некрасовское – в Некрасовский район) Ярославской области. 26 мая 1988 г., накануне прославления Игнатия (Брянчанинова), в присутствии Ярославского архиепископа Платона (Удовенко) состоялось вскрытие и обретение мощей епископа Игнатия в церкви Иоанна Златоуста, в тот же день мощи были перевезены в Толгский монастырь. В ноябре 1995 г. из церкви Иоанна Златоуста в Кострому были перевезены останки епископа Самуила (Запольского-Платонова), перезахороненные в подклети кафедрального Богоявленско-Анастасиина собора. В 1995 г. из монастыря был выведен санаторий, в течение трёх лет помещения обители оставались бесхозными и разрушались. 17 июля 1998 г. определением Священного Синода Бабаевский монастырь был возобновлён. 3 мая 2001 г. Ярославский архиепископ Михей (Хархаров), являющийся священноархимандритом монастыря, освятил Иоанно-Златоустовский храм. В марте 2002 г. в монастыре подвизались шесть насельников, наместником был игумен Борис (Долженко).