В столице, на свободе, он приготовил книгу к печати и провёл её через цензуру. Было уже набрано несколько листов, но Аскоченский, дойдя в своём обскурантизме и фанатизме до крайности, поднял шум. Синод приостановил печатание книги и принялся за её рассмотрение. В феврале 1862 г. книга была запрещена. Тогда Бухарев решил сложить сан. В письме к ректору Московской духовной академии Александру Васильевичу Горскому (1812–1875 гг.) в июле 1862 г. он писал: «…Труд мой об Апокалипсисе, который мог бы сколько-нибудь будить рассуждающих к серьёзным мыслям и заботам о нынешних духовных затруднениях и опасностях, остановлен. Что же? И мне идти на покой нравственного усыпления? Другие не хотят, ну так мне самому ничто не препятствует испытать на деле служение Христу-Богу и в мирском звании». В июне 1863 г. архимандрит Феодор снова стал Александром Матвеевичем, лишившись всех званий. Однако его настроение и образ жизни не изменились, только прибавилось огорчений. Он много писал, но журналы по разным причинам для него закрылись. Издание брошюр и книг требовало денег, а их можно было доставать с трудом. Но ни преследования, ни болезнь, ни лишения не отравили любвеобильного настроения этого кроткого, но стойкого рыцаря русской церкви, пытавшегося идти к религиозному раскрепощению народных масс. Он умер в нужде и чахотке в г. Переславле-Залесском. У Бухарева оказались преемники. Мистик, поэт и публицист Владимир Сергеевич Соловьёв (1853–1900 гг.) часто говорил его языком. Представители нового религиозного сознания вновь выдвигают его идеи. Общество начинает после смерти ценить его больше, чем ценило при жизни. Бухарев напечатал: «О принципах или началах в делах житейских или гражданских» (СПб., 1858); «Явление Христа народу (Картина Иванова)» (СПб., 1859); «О православии в отношении к современности» (СПб., 1860); «Об Апостоле Павле» (СПб., 1861); «Три письма к Гоголю, писанные в 1848 г.» (СПб., 1861); «О Новом Завете Господа нашего Иисуса Христа» (СПб., 1861); «Иов многострадальный» (М., 1864); «Изъяснение I главы книги Бытия» (СПб., 1862, 1864); «Приёмы и беспристрастие в критическом деле редактора «Домашней беседы» В. Аскоченского» (СПб., 1862); «Святой пророк Иеремия» (М., 1864); «Святой пророк Иезекииль» (М., 1864); «Святой пророк Даниил» (М., 1864); «О подлинности и целости священных книг пророков Исайи, Иеремии, Иезекииля и Даниила» (М., 1864); «Исследование о достоинстве, целости и происхождении три книги Ездры» (М., 1864); «Печаль и радость по слову Божию» (М., 1864); «Письма о благодати Святых таинств церкви православно-католической» (М., 1864); «О современных духовных потребностях мысли и жизни, особенно русской» (М., 1865); «Об упокоении усопших и о духовном здравии живых» (М., 1866); «Книга для обучения чтению и письму» (М., 1867) и много статей в разных журналах. В 1906 г. в Санкт-Петербурге перепечатаны главнейшие статьи в сборнике «О православии в отношении к современности». Всё лучшее о Бухареве вышло из-под пера его ученика по казанской академии профессора П.В. Знаменского: «История Казанской Духовной Академии за первый период её существования» (выпуск 1–3, Казань, 1891–1892); «Печальное двадцатипятилетие» («Православный собеседник», 1896); «Православие и современная жизнь. Полемика 60-х годов об отношении православия к современной жизни» (М., 1906). В упомянутом сборнике 1906 г. проф. Знаменским написана биография Бухарева. В этих работах указаны почти все произведения Бухарева и источники сведений о нём.