Все видные деятели православия в прошлом «стояли не за мёртвую букву веры, а за самую силу союза людей с Богом во Христе. Ту силу, в отчуждении от которой пропадал бы человек не только для будущей жизни, но и в настоящей». При этом «во Христе человечество как с душою, так и с телесностью не поглощено Божеством, но ради спасения нашего ума и других духовных наших сил так же. Как и нашей телесности, осталось целым в самой Его личности. Подавлять духовным направлением человеческий ум или другие душевные силы, вместо разностороннего раскрытия их во Христе, устранять самую телесность нашу от всякого участия в благодатной духовности, значило бы мириться с духом евтихианства, признававшего поглощение во Христе человеческого Божеством, и с монофелитами не признавать во Христе вместе с Божескою и человеческую волю и деятельность». С этой точки зрения Бухарев объявляет себя горячим противником папства. Те же основные взгляды диктуют ему мягкое гуманное обращение со старообрядцами и всякими инакомыслящими, позволяют ему благословлять западное образование, отрицать ту простоту веры, которая хуже воровства, отрицать меры, которые «из благочестия делают страшилище для грешных людей». Бухарев ни в чём не отступает от православия, как понимал его митрополит Филарет, но эту сложную систему он хочет вовлечь в действительное строительство и совершенствование жизни. Это должно было растравить многих видных представителей иерархии, привыкших читать в катехизисе о Боге-Духе всеблагом, а в жизни равнодушно взирать на «сокрушение челюстей ближнего». Бухарев заявил, что так жить – значит «иудействовать в христианстве». Этого протеста не могли ему простить люди, лень которых была растревожена, и консервативно настроенные публицисты развязали кампанию против Бухарева, обвинив его в ереси протестантизма. Митрополит Филарет очень переживал, что монах-профессор тяготеет к светской литературе и современности, но формально предъявить ему что-либо не мог и сослал его в Казань, где Бухарев оставил после себя хорошую память как инспектор академии. Его правление показало, что порядок в высшей бурсе можно было поддерживать без той возмутительной дисциплины, которая превращала студентов академий в «богаделёнок». Но здесь Бухарев не мог сойтись с ректором Иоанном, впоследствии епископом Смоленским, человеком большого, но холодного ума, надменным и сухим. Бухарева «выжили» в цензурный комитет. В сущности, это назначение было надругательством: меньше всего этот кроткий, талантливый и любящий монах мог нести службу в жандармерии печати. Эта служба столкнула Бухарева с его литературным палачом – редактором «Домашней беседы» Виктором Ипатьевичем Аскоченским (1813–1879 гг.), известного как автор романа «Асмодей нашего времени» (1858 г.). В качестве цензора Бухарев задержал несколько непристойных статей «Домашней беседы», отчего возникли ненависть к нему и беспощадная травля. Особенно этому способствовало сочинение Бухарева «Исследование Апокалипсиса» (опубликовано П.А. Флоренским в 1913–1916 гг.). В частности, Филарет в этом сочинении видел «мерцание света», но воспротивился её публикации. Бухарев вкладывал в толкование этой загадочной книги свои заветные мысли и наблюдения.