Оставив Милан в 1499 г. после его захвата французами, Браманте обосновался в Риме. Римский период деятельности Браманте создал ему славу величайшего архитектора своего времени; в течение короткого времени (с 1499 по 1514 гг.) им были созданы крупнейшие памятники, определившие стиль Высокого Ренессанса; он занял ведущее место среди архитекторов. Исследователи пишут, что Браманте привёз из Ломбардии кое-какие деньги, которые тратил с величайшей бережливостью, т.к. хотел жить независимо. После приезда в Рим он изучает памятники классической римской архитектуры, ведя уединённую и созерцательную жизнь. От Рима Браманте воспринял чувство монументальности, ставшее отличительным моментом его творчества. Прошло немного времени, и Браманте добился своей цели. Сначала он служил помощником архитектора при папе Римском Александре VI Борджа (1492–1503 гг.). В октябре 1503 г. папой был избран Юлий II (1503–1513 гг.), и с этого момента Браманте работал, главным образом, для него, лишь изредка предпринимая кратковременные поездки: в 1506–1507 гг. в Болонью и Урбино, в 1508 г. – в Чивитавеккиа, в 1509 г. – в Лорето на строительство собора Святого Петра и перестройку ватиканских дворцов. Папа всячески ему благоволил, отмечая мастера и за личные качества, даже посчитал его достойным должности хранителя свинцовой печати (Браманте соорудил прибор для наложения печати на папские буллы, действовавший при помощи очень искусно сделанного винта). По поручению Юлия II Браманте вёл обширные работы в Ватикане. Здесь им созданы двор Сан-Дамазо (около 1510 г.) и двор Бельведера (1503–1545 гг.) для турниров и зрелищ, достигающий в длину около 300 м и завершённый огромной нишей; разница в уровнях его трёх террас использована для создания мест для зрителей и грота с фонтанами (двор Бельведера, развивая приёмы древнеримских ансамблей, предвосхитил композицию многих вилл последующего времени). Однако перелом в стиле Браманте после его переезда в Рим не столь разителен, как это принято считать. Исследователи, скорее, отмечают заключительный этап его гуманистической культуры, венчающий всё творчество, хотя и вдохновлённый непосредственным контактом с античностью. Его классическая культура сложилась в Урбино, а также временем работы в Ломбардии, где сильны были консервативные художественные традиции, в Милане он органически вписывал свои творения в позднеготическую ткань городской застройки. В Риме же Браманте стремился сочетать их с подлинно историческим обликом города, каким он представлялся на основании древних руин и, разумеется, трактатов Марка Витрувия Поллиона (I в. до н.э.). Но и тут он ставил перед собой, скорее, задачу воссоздания внешнего облика, чем выявления внутренней взаимосвязи. Главной своей целью Браманте считал упрощение, очищение представления об античности, замутнённого и искажённого в поздние времена, о чём свидетельствовали сохранившиеся документы. В клуатре церкви Санта-Мария делла Паче (1500–1504 гг.), в этом первом его римском творении, он ещё говорит на языке своих ломбардских построек, но его речь становится более римской. Вопреки всем строительным нормам Браманте не удержался от искушения изменить светотеневое соотношение между двумя ярусами галерей, поставил над нижними арками дополнительные колонки, членящие лоджии второго яруса ради уменьшения эффекта их глубины. С точки зрения канонов статической структуры и пластической формы, это было абсурдно, а с точки зрения визуального равновесия светотеневых эффектов двух ярусов – необходимо. В те же годы он строит часовню во дворе монастыря Сан Пьетро ин Монторио, так называемое Темпьетто (завершена в 1502 г.), которое послужило как бы «манифестом» Высокого Ренессанса. Поскольку храм отличался миниатюрными размерами, то каких-либо особых строительных или инженерных проблем не возникало. Темпьетто играет роль исторического мемориала, т.к. построен на месте, где якобы был распят апостол Пётр (он имеет и символическое значение, поскольку представляет собой церковь, основанную Петром). Для воплощения этой идеи, обоснованной историческим преданием, Браманте воссоздал на основе теории (Витрувия) и исторических свидетельств (руин) типологию классического центрического храма. Он, несомненно, стремился установить образец, канон, метод для строительства здания, которое исторически представлялось ему необходимым, поскольку речь шла о восстановлении исторического облика Рима как воплощения синтеза древней истории и христианского учения.