Во главе церковной организации стояли епископ («дедец») и «гости», функции которых для исследователей остаются до конца невыясненными. Богомильство, укрепившись в X в. в Болгарии, получило в XI–XII вв. широкое распространение по всей Византии (после присоединения к ней Болгарии в 1018 г.), где богомилы назывались «фундагиагитами». Особенно крепкими были их позиции в Сербии, Хорватии и Боснии, где после некоторых преобразований богомильство стало почти государственной церковью, пользовалось (хотя и не постоянно) покровительством верховной власти и крупных феодалов, оставаясь в таком статусе вплоть до османского завоевания в XV в. Богомильство играло особенно заметную роль на протяжении XII – первой половины XV в., не уступая католицизму и православию. В середине XII в. оно начало проникать во Францию и Северную Италию, оказывая влияние (прежде всего, сочинениями «Тайная книга» и другими апокрифами) на западноевропейские ереси катаров, патаренов и альбигойцев. Отсюда одно из наименований катаров (возможно, отразившее далматинское языковое посредство) – «бугры» (bugari, bugri и т.п.), т.е. болгары. В Германии богомильство оказало влияние на люцифериан, в России – на стригольников. На катарском Соборе 1167 г. близ Тулузы один из богомильских старейшин Никита говорил о существовании семи крупных общин-«церквей» богомилов в Малой Азии и пяти на Балканах. Церковь и светская власть в разных странах с конца XI в. активно боролись с широко распространившейся ересью. Так, император Алексей I Комнин (1081–1118 гг.) принимал суровые меры ради обращения богомилов в православие, сажал их в темницы, переселял в отдаленные районы империи, а одного из их учителей – старца Василия, лидера движения, в 1111 г. в Константинополе публично сжёг на костре. Эту политику продолжили Иоанн II Комнин (1118–1143 гг.) и Мануил I Комнин (1143–1180 гг.), проведя несколько церковных Соборов против богомилов (1140, 1143, 1156–1157 гг.), а затем и патриарх Герман II (1222–1240 гг.). В Сербии против них боролся Стефан Неманя (антибогомильский Собор в Расе между 1172 и 1180 гг.), в Болгарии – Пётр и Борис (антибогомильский Собор в Тырнове, 1211 г.). Католическая церковь и венгерские короли (вассалом которых была Босния) неоднократно предпринимали против боснийских богомилов крестовые походы, начиная с 20 гг. XIII в. Однако богомильская ересь не была уничтожена и ещё в XIII–XIV вв. представляла серьёзную угрозу для православной церкви, о чём свидетельствуют соборные постановления. В XIV в. она распространилась на Афоне (проповедники Иосиф и Георгий) и вновь оживилась в Болгарии, где церковный Собор 1359/1360 г. в Тырнове осудил богомильских проповедников Кирилла Босоту и его ученика Стефана и изгнал их из страны. Папы в своих посланиях в XIV – середине XV в. неоднократно обвиняли боснийских королей и их вельмож в покровительстве еретикам. Только в правление короля Стефана Томаша (1443–1461 гг.) монахи-францисканцы принудительно обратили боснийских богомилов в католичество. Несмотря на жестокие преследования как в Византии, так и в других странах (крестовые походы, постановления Соборов, истребление литературы, казни, изгнания и др.), движение богомилов просуществовало до XVII в. Ряд апокрифов, испытавших влияние учения богомилов («Видение пророка Исаии», «Откровение Варуха», «Откровение Еноха» и др.), вместе с другими болгарскими литературными памятниками получили известность и в Киевской Руси. По мнению ряда исследователей, богомильство проникло на Русь в XIV в., оказав влияние на ересь стригольников, однако в силу крайней скудости источников эти предположения не выходят за рамки гипотезы. Лишь после завоевания Балканского полуострова турками богомильство стало постепенно исчезать, т.к. главный противник богомилов (христианская церковь) уже не была господствующей. Часть болгарских богомилов наряду с другими еретиками-дуалистами в XVII в. перешли в католичество, сохранившись как отдельная этническая группа с характерным названием «павликиане». В эпоху турецкого владычества происходил массовый переход местного населения в ислам. Тогда ислам приняло большинство богомилов; отсюда его широкое распространение в Боснии и частично в Болгарии (в Родопах).