Богомилы не признавали христианскую церковь и её служителей, символы, обряды и таинства, поскольку считали, что всё это дело рук Сатаны. Они не посещали храмы, отрицали молитву, за исключением молитвы «Отче наш», не почитали Креста Господня, икон, не признавали церковный брак, мощи, праздники, Воскресение Христово, не считали Деву Марию Богородицей. Утверждали, что причастие – это просто хлеб и вино, а не Тело и Кровь Иисуса Христа, святые мощи – кости умерших людей, чудотворения – сказки для легковерных людей. Богомилы считали, что между Богом и человеком не нужен посредник (духовенство), поскольку человек в состоянии сам спасти свою душу. Из христианских книг они признавали только Новый Завет, а Ветхий Завет отвергали полностью, т.к. считали, что Моисей – служитель Сатаны. Не признавали богомилы и решения Вселенских и поместных Соборов и сочинения церковных авторов. Первое по значимости место среди уцелевших произведений занимает апокриф «Иваново Евангелие», называемый богомилами «Тайной книгой» (около Х–XI в.). Он известен в трёх переводных латинских версиях (конца XII – середины XIII в.), болгарский оригинал не сохранился. По форме это – диалог между Христом и его любимым учеником Иоанном Богословом. Перед читателем развёртываются основные положения богомильской космогонии и эсхатологии: о первоначальном устройстве Вселенной, о низвержении злых сил с небес, о борьбе Христа с Сатаной и Его победе над дьяволом, о судьбах праведников и грешников и т.д. При её написании были использованы Книга Бытия, канонический Апокалипсис и некоторые апокрифы XI–XII вв. Второе сохранившееся произведение богомилов – так называемый «Катарский требник» (XIII в., на провансальском языке, болгарский оригинал утрачен) – содержит описание всех обрядов, совершаемых во время проповедей в общине. Большинство других сочинений, испытавших влияние богомильской доктрины, представляют собой апокрифы – анонимные («Житие Адама и Евы», «Рукописание Адамово», «Прение Христа с дьяволом») или псевдоэпиграфические, авторство которых приписано ветхозаветным и евангельским персонажам, главным образом, пророкам («Книги Еноха», «Откровения Варуха», «Видения Исаии», апокрифический Апокалипсис Иоанна Богослова и др.). Из-за компилятивного по преимуществу характера этих текстов проблема их реального авторства остаётся для исследователей на гипотетическом уровне (в качестве создателей принято рассматривать самого Богомила и его учеников Михаила и Феодора). В исследовательской литературе XIX – первой половине XX в. к числу ранних богомильских авторов иногда было принято относить пресвитера («попа болгарского») Иеремию, которого в некоторых редакциях Списка отречённых книг называют сыном и учеником Богомила; но в настоящее время эта точка зрения историко-филологической наукой отвергнута. Среди византийских богомилов («фундагиагитов») наиболее распространённым апокрифом была так называемая «Греческая легенда о сотворении мира», написанная в духе умеренного дуализма и имеющая много сходных черт с болгарским апокрифом «Тивериадское море». В середине – второй половине XI в. мировоззрение богомилов оказало заметное воздействие на наиболее значительные и оригинальные болгарские историко-апокалиптические сочинения, такие как «Болгарская апокрифическая летопись» и «Сказание пророка Исаии» в версии Белопольского (Николяцкого) сборника. В богомильстве были сильны социально-политические тенденции. В соответствии с вероучительными идеями богомилов строилась их культовая и социальная деятельность. Они отвергали светскую власть и царя, осуждали богатство и смогли в известной мере включиться в структуру феодального общества только в XIII–XIV вв. в Боснии с её специфическим политико-географическим положением и конфессиональной ситуацией. Отрицательное отношение богомилов к светской власти в целом определило их неоднозначную (в зависимости от конкретной исторической ситуации) роль в балканской средневековой политической истории.