Первоначально Ратцингер отклоняет предложение папы, но 25 ноября 1981 г. принимает решение стать префектом идеологического ведомства Ватикана, унаследовавшей от Священной инквизиции функции и задачи по защите церковной доктрины. Тогда же Ратцингер отказывается от пастырских обязанностей в Германии и переезжает в Ватикан. Здесь он становится постоянным участником епископских Синодов, а в 1993 г. принимает титул епископа римского пригорода Веллетри-Сеньи. В 2002 г. Ратцингер был избран деканом Коллегии кардиналов (с 1998 г. являлся её вице-деканом), а его титул звучал как «епископ Остии и Веллетри-Сеньи». Наряду с этим он выполнял множество других функций в Римской курии: председателя Папской библейской комиссии, председателя Международной теологической комиссии, члена Конгрегации по делам восточных церквей, члена Конгрегации богослужения и таинств, члена Конгрегации евангелизации народов, члена Конгрегации католического образования, члена папских советов по делам культуры и по делам единства христиан, члена Папской комиссии по делам Латинской Америки, руководил работами по созданию нового «Катехизиса католической церкви» (1992 г.). Йозеф Ратцингер принадлежал к числу ближайших соратников папы Иоанна Павла II, считается видным деятелем католической церкви XX в., одним из ведущих теологов, представляющих современную фундаментальную и догматическую теологию. Он занимался также вопросами экклезиологии (учения о церкви), являясь сторонником так называемой христологии смысла (Христос пронизывает всю историю мира и человечества, придавая ей новый смысл). Из-за своей резкой и непримиримой позиции по отношению к либеральной части католической церкви в церковных кругах он получил прозвище Panzerkardinal («кардинал-броненосец», или «бронированный кардинал») и даже «великого инквизитора» за приверженность традиции, неприятие многих новаций католических реформаторов и жёсткое следование догматам. Кардинал Ратцингер являлся членом комиссии «Экклезия Деи» и фактически главным богословом в Ватикане, а его позиция по ряду вопросов была официальной позицией Ватикана. В 1980 гг. он выступил, например, в защиту ценности жизни и недопустимости абортов, с резким осуждением теологии освобождения, сурово осудил гомосексуализм и однополые браки. В 1990 гг. Ратцингер выступил с критикой тех католических теологов (особенно из азиатских стран), которые утверждали, что нехристианские религии являются частью божественного плана в отношении человечества. Он был одним из главных авторов ватиканского документа «Dominus Jesus» (2000 г.), отмечавшего, что «полнота божественной истины» зиждется только в католической церкви (при этом другие вероисповедания характеризовались как неистинные и ущербные). По мнению ряда исследователей, этот ватиканский документ существенно затормозил процесс экуменического диалога с протестантскими и православными церквами начала XXI в. Кардинал Ратцингер в 2004 г. заклеймил «радикальный феминизм» как идеологию, которая подрывает основы семьи и данные Богом различия между мужчиной и женщиной, был противником женского священства, резко выступал против разводов, браков гомосексуалистов, клонирования, эвтаназии. Избран папой Римским 19 апреля 2005 г., на второй день работы конклава, получив при тайном голосовании (в четвёртом туре) 95 голосов из 115, став 265-м (по другим подсчётам – 266-м) понтификом, приняв имя Бенедикта XVI. Со времён Климента XII (1730–1740 гг.) Йозеф Ратцингер – самый старший на момент своего избрания папой, первый со времён папы Павла IV (1555–1559 гг.) избранный папой Римским декан Коллегии кардиналов, как и его предшественник – не итальянец. Он также – первый немецкий понтифик после папы Виктора II, возглавлявшего Римско-католическую церковь в 1055–1057 гг.