В этот раз его посадили в городскую тюрьму Бедфорда, которая находилась на каменном мосту через реку Уз. Проповедовал Баньян и в тюрьме. Как ни странно, но именно квакеры добились его освобождения. Когда король попросил лист с фамилиями для помилования, они вписали туда и имя Баньяна, как члена их общины; через шесть месяцев он был свободен.  Его больше не арестовывали, т.к. он был очень популярен. Говорили, что Баньян в это время одевался как бродяга, ходил с палкой в руке, когда посещал различные приходы, чтобы избежать очередного ареста. Когда король Иаков II (1685–1688 гг.) предложил Баньяну следить за соблюдением королевских интересов в Бедфорде, он отказался, т.к. не были отменены пытки и законы, по которым преследовались диссиденты. В 1688 г. он служил священником у лорд-мэра Лондона, сэра Джона Шортера. Баньян умер до того, как Иаков II отрекся от престола, т.е. до начала «Славной Революции». Умер он в доме своего друга Джона Струдвика, торговца бакалеей и свечами, 31 августа 1688 г. Его могила находится на кладбище Банхилл Филдс в Лондоне. Предсмертной волей многих пуритан, для которых поклонение могилам и мощам считалось страшным грехом, стало желание, чтобы их похоронили как можно ближе к могиле Баньяна (в 1682 г. была создана лежачая статуя, которая украсила его могилу). Покоится Баньян рядом с другими выдающимися диссидентами, в том числе с Джорджем Фоксом, Уильямом Блэйком (1757–1827 гг.) и Даниэлем Дефо (1660–1731 гг.). В неволе он создал свои самые известные сочинения. В теологическом трактате, который является его духовной автобиографией, «Изобильное милосердие, изливающееся на главного грешника» (1666 г.) Баньян описал глубокое осознание греха и страх перед отвержением Богом. Его знаменитая книга «Путешествие пилигрима» (также переводится как «Путь паломника»; в двух частях, первая из которых была опубликована в Лондоне в 1678 г., вторая – в 1684 г.; третья часть, ошибочно приписанная Баньяну, появилась в 1693 г. и была переиздана в 1852 г.), переведенная более чем на 70 языков, считалась после Библии самой распространенной книгой в мире. Полное название книги – «Путешествие Пилигрима из Этого Мира в Тот, Который Должен Прийти». Она написана в жанре, созвучном новому времени отважных путешествий. В ней Баньян изображает жизнь христианина как героическое, изобилующее неожиданными встречами странствие по полным опасностей местам к вечному граду Божию – Небесному Иерусалиму. Аллегорическое изображение характеризуется живостью персонификаций. Единственная цель книги – сделать библейские истины убедительными. Две другие работы Баньяна менее известны: «Жизнь и Смерть Мистера Бэдмэна» (1680 г.) – это воображаемая биография, а «Священная война между Шаддаем и диаволом» (1682 г.) – аллегория. Третья книга, раскрывающая внутренний мир Баньяна и подготовку к предназначенной ему миссии – «Милость Божья, сошедшая на главного грешника» – классический пример духовной автобиографии, т.е. Баньян здесь сосредотачивается на собственном духовном пути. Поводом для написания этой работы было желание открыто восхвалить христианскую концепцию милости и обнадежить тех, кто проходит через то же самое, через что прошёл и сам Баньян. Его работы, появлявшиеся в многочисленных изданиях, подчеркивают необходимость религиозного обращения. Баньян стал основоположником назидательной литературы пуританского пиетизма. Редьярд Киплинг (1865–1936 гг.) как-то сказал о Баньяне: «Отец романа, первый Дефо Спасения». Портрет писателя, написанный его другом Робертом Уайтом (1796–1872 гг.), показывает истинные черты Баньяна: высокий, с рыжеватыми волосами, довольно большим носом и ртом и сверкающими глазами.