Считая, что форма неразрывно связана с содержанием мысли, а формы мысли совпадают с формами вещей, он близок панлогизму Гегеля, однако в целом возвращался к средневековой схоластике, которая, по его мнению, была ближе к пониманию божественной реальности, чем современная ему философия. Отношение Бога к миру – это отношение творчества, которое не может быть истолковано как эманация или как диалектическое развертывание. Вся метафизика Баадера есть, по существу, теология, т.е. учение о Боге и отношении Его к миру. Бог есть средоточие мира, первая причина и последняя цель его бытия. С особым вниманием он останавливается на выяснении творческого отношения Бога к миру. Творчество не исходит из единства Бога путем эманации или как раскрытие Его содержания (подобно эволюции лейбницевской монады). Такой процесс не был бы творением, т.к. творимое и творец составляли бы по существу одно и то же, как это и утверждает пантеизм. Творчество Бога он понимал производимым из того, что составляет Его внешность, т.е. из Его Славы (Herrlichkeit). Это понятие заключает в себе неисчислимое множество потенций, принципов и сил, не относящихся к самой сущности Бога. В приведении этих отстаивающих свою самостоятельность сил к единству и состоит творчество Бога. Следуя в этом пункте учению Я. Бёме, Баадер различает внутреннюю сущность Бога, т.е. Бога в себе, от Его выражения во внешности, т.е. в природе. Это различие представляется ему очень важным, т.к. им опровергается господствовавшее в его эпоху пантеистическое понимание Бога, подчинившее себе умы даже таких философов, как Шеллинг, который сам же оспаривал пантеизм. Иначе говоря, вслед за Бёме он проводит различие между Богом в себе и Богом, выраженным в природе, отвергая тем самым пантеистическую натурфилософию Шеллинга. Его этика основана на надежде на внутреннее воскрешение. Согласно Баадеру, в Боге нет никакого развития от темного к светлому, от бессознательного к сознательному. Такие характеристики – лишь оценки человеческим мышлением потенций Бога, вечных и нераздельных. Он утверждал, что божественная реальность представлена в трех неразрывно связанных процессах: 1) имманентный или эзотерический процесс жизни, который является логическим и с помощью Бога сам порождает себя из своей закрытости; 2) эманентный или экзотерический процесс жизни, который является реальным и в котором Бог благодаря преодолению принципа самости и вечности природы становится триединой личностью; 3) процесс, в котором Бог предпринимает объединение не с Самим собой, а со Своими творениями в акте любви. Творение Богом природы осуществляется через посредство вечной мудрости, или Софии. Бог, мудрость и вечная природа и составляют три потенции мироздания. Взаимодействие духа и материи заключается, согласно Баадеру, в их взаимном проникновении: духовное действенно, поскольку находит точку приложения своей силы к материи. Центральным символом в природе является свет. С этих спиритуалистических позиций он рассматривает смысл органической жизни, отношение между моральным и физическим, характеристики знания. До 1809 г. Баадер прямо противополагал свою точку зрения учению Шеллинга как явному пантеизму, видящему в природе непосредственное обнаружение Бога, причем божественная сущность как бы выдыхается и иссякает в этом творческом самораскрытии. На самом деле этому процессу раскрытия Бога в природе предшествует вневременная эволюция божественной сущности в ее экзотерическом единстве. Эволюция природы есть лишь экзотерическое выражение во времени внутренней жизни Бога, которая в этом внешнем выражении не только не выдыхается, но и нисколько не убывает. Природа – не Бог, а только продукт и результат Его бытия. Это критическое отношение к Шеллингу обусловило переворот в воззрениях самого Шеллинга в сторону теизма, выразившийся в его сочинении «О свободе». Однако и после этого Баадер упрекал Шеллинга в половинчатости, выразившейся в том, что Шеллинг, говоря о слепом бытии первоосновы в Боге, все еще выставлял темную природу в Боге как нечто первое, тогда как просветленная духовность есть нечто первоначальное в Боге.