Но когда Баадер в 1823 г. направился для осуществления своего плана в Петербург, влияние Голицына уже пало, и руководящую роль в государственном управлении получил Аракчеев. Ему не удалось даже доехать до Петербурга; его приезд в Россию почему-то вызвал тревогу властей, увидевших в нем одновременно революционного агитатора и тайного иезуита. В Риге он получил приказ выехать из России. Перед тем, живя у одного из своих остзейских знакомых, Баадер написал свое основное и единственное более или менее систематическое сочинение «Fermenta cognitionis» («Ферменты мысли», или «Движущие начала познания»). В 1826 г. ему была предложена кафедра философии в Мюнхене. Под конец жизни Баадер принял участие в споре между старокатоликами и новокатоликами, решительно выступая в защиту первых, что навлекло на него нападки со стороны крайней католической партии. Его философия представляет собой обособленное и чужеродное явление на фоне современной ему философии: возрождение не использованных еще источников религиозной мудрости, сданных в архив истории под пренебрежительным наименованием «схоластики». Баадер не собирался извлекать на свет весь архив Средневековья, но упрекал современность в забвении светлых умов средневековой философии, призывал к развитию религиозной мысли и даже к религиозной реформации, понимая последнюю не по плану М. Лютера, а в духе Я. Бёме, которого он считал истинным религиозным реформатором, непризнанным и непонятым. Резкий конфликт с господствовавшим течением мысли обрек и самого Баадера на такое же непонимание и непризнание. И если современная ему и последующая история философии уделила Баадеру все-таки некоторое внимание, то лишь благодаря личному влиянию на многих современников, главным образом, на Ф. Шеллинга. Баадер выступал против любых рациональных доказательств бытия Бога, считая всякие суждения о Боге «проблематичными», поскольку существование Бога дано непосредственно и не нуждается в доказательствах. Бог, согласно Баадеру, есть формообразующее единство, а человек – это образ Бога, и только благодаря деятельности он может постичь сущность Бога. «Бог есть истина, и внутреннее познание истины, любовь к истине, наслаждение истиной есть закон природы для человека... Воспринять великий идеал Бога в природе, стремиться к нему чувством – и затем на всем существующем вне его, на всяком слове и деле своем ставить печать своего внутреннего идеала, то есть искаженной, ущербной, нечистой копии того первого, воспринятого им идеала» (Эстетика немецких романтиков. М., 1987). Центральным объектом познания Бога является сам человек («микробог»). Человеческий разум, по Баадеру, не только не автономен в сфере познания, но даже не может служить исходным пунктом для раскрытия истины. Здесь, как и во всем, человек находится на правильном пути лишь постольку, поскольку он не потерял живой связи с Богом. Познание – это содействие человека божественному разуму, а человеческое знание – это сознание божественного знания. Человеку дано все познание в принципе. То, что называется развитием ума и приобретением истинного знания, есть лишь раскрытие этого данного, причем человек является лишь содействующим (mitwirkend) проникающей его мысли Бога. И лишь в законченном изложении, в высказывании открывшейся ему истины человек может быть признан самостоятельным деятелем. Существенную роль в процессе познания играет совесть, которая является знанием о том, что человек постигаем Богом. Баадер различает три типа отношения человека как индивидуального существа к Богу: 1) когда Бог сознается лишь как проникающая извне сила (durchwohnt), обыкновенно грозная и враждебная; таково отношение к Богу бесов, которые «веруют и трепещут»; 2) когда Бог сознается как соприсутствующий (beiwohnt), служа объектом чисто внешнего рассмотрения и взаимодействия; так относится к Богу большинство людей, имеющих связь с Богом через посредство рационалистического познания, живущих религиозно под внешним, иногда принудительным авторитетом церкви; 3) когда Бог сознается как бы живущим внутри сознания (innewohnt); это – отношение людей, всецело предавшихся Богу, почувствовавших Его в себе и сделавшихся «агентами» Бога.