Архитектура церквей, представляющих в плане прямоугольные базилики, имеет прямые параллели с храмами монастыря св. Симеона в Асуане и соседнего с Бауитом Дейр-эль-Мухаррака и в целом типична для церковной архитектуры Сирии и византийской Африки. Среди произведений искусства, найденных в Бауите, наибольший интерес для исследователей представляют росписи, обнаруженные на стенах и в маленьких нишах почти половины построек. Среди сюжетов встречается история пророка Давида, цикл из 12–13 сцен. Сохранилась акварельная копия Ж. Кледа сцены «Битва Давида с Голиафом». Есть образ пророка Давида в окружении местных святых. Часто встречающееся изображение псалмопевца в келлиях обители могло быть связано, по мнению исследователей, с правилом ежедневного прочтения Псалтири египетскими монахами. Были также обнаружены изображения ветхозаветных пророков, сцены «Три отрока в пещи огненной», «Богоматерь Млекопитательница», «Богоматерь с Младенцем в окружении ангелов», «Святой Сисиний на коне, поражающий копьём демона». Дважды встречается символическое изображение Святой Церкви в виде женщины (погрудный портрет) в короне и нимбе, с надписью, с потиром или Евангелием в руках. Особенно были распространены двухчастные композиции в апсидах часовен – в конхе «Теофания», на стене апсиды или ниши – «Богоматерь в окружении святых». Самая известная из них – роспись небольшой ниши (220х170 см), в верхней части которой изображён Христос во славе в окружении символов евангелистов, светил и архангелов. В нижней части – Богоматерь на престоле с Младенцем, апостолами и двумя местными святыми, в нижней части росписи представлена «Богоматерь Оранта в окружении апостолов». В среде египетского монашества был обычай изображать почивших иноков вскоре после их кончины в часовнях некрополя. Есть ряды местных преподобных. Росписи Бауита – образец восточно-эллинистического исторического стиля VI–VII вв., выполненные в технике клеевой живописи по гипсовой штукатурке, и в настоящее время сохранили свежесть красок. Демонтированные ниши с росписями хранятся в Коптском музее Каира. По предположению Раисы Дмитриевны Шуриновой, фрагмент коптской тканой завесы с изображением оранта (V–VI вв., Государственный музей изобразительных искусств имени Александра Сергеевича Пушкина) происходит из Бауита и является копией одной из росписей. К числу древнейших сохранившихся икон исследователи относят найденные в Бауите энкаустические иконы VI–VII вв.: «Епископ Авраамий» (Государственный музей. Берлин), «Христос и св. Мина» (Лувр. Париж). Сохранились фрагменты резного декора по дереву и камню (капители, фризы, панели дверей и др.). Несомненный интерес для исследователей представляют многочисленные надписи, найденные в Бауите.