В своей религиозной политике Юстиниан стремился к тому, чтобы в единой империи был установлен единый закон, существовала единая вера, именно его вера и его воля. Он очень любил богословские рассуждения, считал себя замечательным теологом, верил, что Бог глаголет его устами, и объявил себя «учителем веры и главою Церкви», готовым охранять ее как от собственных заблуждений, так и от нападений противников. Он всегда предоставлял себе право диктовать Церкви догматы, право, дисциплину, иначе говоря, превращал ее в орган своей святейшей власти. Стремясь узаконить объединение империи, с 529 г. Юстиниан I обязал крупнейших юристов разработать свод Гражданского кодекса. Этот свод отменял старые законы, вводил новые формулировки, предусматривал реформы во взаимодействии человека и государства. Многие положения этого труда, получившего название «Кодекс Юстиниана», используются в юридической практике до сих пор. Его законодательные акты полны постановлений о церковном устройстве, регламентируя все мелочи. Именно в одном из законов Юстиниана был утвержден принцип взаимоотношений Церкви и государства – принцип симфонии, т.е. согласия священнической и царской власти. Согласно этому принципу, Церковь должна молиться о царе и его подданных, а император должен заботиться о Церкви и охранять правую веру. Сам Юстиниан делал Церкви щедрые пожалования, строил и украшал храмы.

Как следствие особого положения Церкви в Византийской империи, в эпоху Юстиниана возникает такой тип законодательных сборников, как «Номоканон». В них совмещались законы о Церкви, изданные императорами (от греч. номос – закон), и собственно церковные правила – каноны (букв. – «строительная линейка»). Византийские номоканоны, т.е. сборники, содержащие церковные каноны и императорские постановления, положили начало церковному праву и в России, на основе которого была составлена так называемая Кормчая книга.

Каноны регулируют как организацию церковной жизни в целом (правила созыва Соборов, выборов епископов или священников и т.д.), так и жизнь каждого христианина (условия и правила приема в Церковь, церковного брака, погребения и т.д.), а также описывают наказания за церковные преступления. Среди канонов есть такие, которые действуют и сейчас (например, запрет рукополагать женщин в священники), и такие, действие которых связано с конкретной исторической ситуацией (например, каноны, определяющие возраст для пострижения в монашество или рукоположения).

Юстиниан обобщил и систематизировал политику использования Церкви для достижения своих целей. Чины церковной иерархии получили много прав и преимуществ. Епископы должны были исправлять злоупотребления в светской администрации и в суде. Иногда они могли пересмотреть дело сами, иногда вступали в соглашение с должностным лицом, на которое заявлялась претензия, иногда доводили дело до сведения самого императора. Клирики были изъяты из подчинения обыкновенным судам; священников судили епископы, епископов – Соборы, в особых случаях – сам император. После возвращения Италии Юстиниан признал папу первым лицом в Церкви, константинопольского патриарха – вторым. Он брал под свой высший контроль не только церковное управление и действия духовенства, но и религиозную жизнь подданных. Его кодекс начинается с особой главы «О Святой Троице и кафолической вере». Упоминание об обязательности для всех Никейского Символа веры встречается в нем несколько раз, рядом с анафемой против еретиков и хвалой Риму.