В начале XIV в. на фундаменте церкви святого Иоанна, оставшейся со времён крестоносцев, была возведена новая соборная мечеть, простоявшая до Первой мировой войны. В мамлюкскую эпоху в Газе сохранялась православная община, возглавлявшаяся митрополитом. Русский паломник купец Василий в 1465 г. отмечал многочисленность местных христиан и упоминал городскую церковь Пречистой Богородицы. После османского завоевания Палестины (1516 г.) источники фиксируют быстрый рост населения Газы. В налоговых регистрах 1525/1526 г. в Газе отмечено около 1 тыс. домов, 30 лет спустя – свыше 2 тыс. Веротерпимая политика местных пашей и защита от бедуинских набегов привлекли в Газу множество христиан из Заиорданья и Южной Палестины. Христианская община города насчитывала в 1525 г. 233 семейства, в 1555 г. – 331, в 1596 г. – 272 семейства, составляя около четверти всего населения. В XVI в. Газа иногда превышала Иерусалим по численности христиан, поэтому даже в этот период глубокого упадка Иерусалимской православной церкви здесь сохранялся митрополичий престол, один из двух – трёх остававшихся в патриархате. Помимо мусульман и православных в раннеосманский период в Газе отмечены также общины иудеев, самаритян и небольшая группа коптов. В дальнейшем христианская община Газы быстро сократилась. Около 1650 г. Антиохийский патриарх Макарий по просьбе оставшихся газских христиан добился у османских властей уменьшения ставок подушной подати христиан в Газе, в налоговых реестрах число плательщиков джизьи было сокращено со 181 до 40, хотя реальное количество христианских семейств в городе могло быть несколько большим. В 1652–1671 гг. Газскую митрополичью кафедру номинально занимал Паисий Лигарид. В свою бытность в Москве в 1660 гг. Паисий Лигарид многократно жаловался на бедность и долги Газского престола, но выделяемую ему милостыню употреблял на личные нужды. В конце XVII в. Газскую епархию возглавлял митрополит Христодул, участвовавший в исторических изысканиях патриарха Досифея Нотары, для которого Христодул переводил арабские летописи. Экономика Газы османской эпохи (как и в предыдущие периоды) определялась её пограничным положением между Сирией и Египтом, жители обслуживали движение караванов, поставляли изделия из керамики, вывозили финики и мыло. По состоянию на 1838 г. в епархии Газы было 150 православных семейств при общей численности населения Газы около 15 тыс. человек. Данные 1906 г. отмечают в городе 40 тыс. жителей, в том числе 750 христиан и 160 иудеев.