В течение X в. Акко по-прежнему был частью военного округа Иордана. Местный арабский географ аль-Мукаддаси посетил Акко в 985 г., в период эры ранних Фатимидов, и описал его как укреплённый прибрежный город с большой мечетью, в котором есть значительная оливковая роща. Укрепления были построены раньше автономным эмиром Ибн Тулуном Египетским, который аннексировал город в 870 гг., и обеспечивали относительную безопасность торговым судам, прибывавшим в городской порт. Когда в 1047 г. город посетил персидский путешественник Насир Хосров, он отметил, что большая Пятничная мечеть была построена из мрамора, располагалась в центре города, а сразу к югу от неё находилась «могила Пророка Салиха». Насир Хосров предоставил описание размеров города, которое можно примерно приравнять к 1.24 км в длину и 300 м в ширину. Эти цифры указывают на то, что Акко того времени был больше нынешней площади его Старого города, большая часть которого была построена между XVIII и XIX вв. Настоящую известность Акко принесла эпоха Крестовых походов. В 1104 г. после первого Крестового похода город был завоёван Балдуином I. В 1187 г. Саладин взял город почти без боя, но уже в 1191 г. во время третьего Крестового похода после двухлетней осады Акко был отвоёван войсками крестоносцев под командованием французского короля Филиппа Августа и английского короля Ричарда Львиное Сердце. Город стал столицей Иерусалимского королевства крестоносцев в Палестине и был окружён мощными оборонительными сооружениями. Город получил новое название – Сен-Жан д’Акр. Военные рыцарские Ордена госпитальеров, тамплиеров, а позднее и Тевтонский орден обрели в Акко собственные кварталы. Они строили здесь жилые дома, склады, больницы, церкви и административные здания. В разных концах города выросло больше сорока церквей и 23 монастыря. Ни один город крестоносцев не дошёл до наших дней в таком сохранном состоянии, как Акко. В 1260 г. в Акко переезжает парижская иешива рабби Иехиэля бен Йосефа из Парижа вместе с 300 учениками. Иешива обосновывается в Акко, что сделало город одним из важных центров еврейской учёности. Госпитальеры, тамплиеры, Тевтонский орден, купцы Генуи, Венеции и Пизы, проживавшие в городе-крепости, постоянно спорили за сферы влияния. В 1256 г. между венецианцами и генуэзцами вспыхнул вооружённый конфликт, известный как Война святого Саввы, в который позднее были втянуты и рыцари обоих Орденов. В 1291 г. раздираемый междоусобицами город крестоносцев прекратил своё существование после его штурма войсками мамлюков под предводительством султана аль-Ашраф Халиля (Саладина), мамлюки разрушили Акко и вырезали большую часть его христианского и еврейского населения. При осаде города были разрушены церковь и монастырь, погибли 14 аббатов и больше 60 послушников. В течение долгих лет Акко представлял собой небольшую рыбацкую деревню. В 1517 г. его завоевали турки-османы под командованием Селима I. В конце XVI в. и начале XVII в. городом управлял друз Фахр-ад-дин, начавший отстраивать город заново. В 1721 г. правителем Галилеи стал Захир аль-Умар аз-Зейдани. Понимая стратегическое расположение города, он сделал его своей столицей и начал заново отстраивать. В первую очередь, перестроил стены, размер которых был уменьшен по сравнению с периодом крестоносцев, во-вторых, пригласил евреев, мусульман и французов заново осесть в городе и создал для них соответствующие условия, в 1752 г. построил крепость.