В 1408–1432 гг. был возведён обширный хор со звёздчатыми сводами, одно из лучших произведений поздней готики в Австрии. На нижнем ярусе амбулатория в 1613–1704 гг. были сооружены капеллы с арочными сводами. Храм получил барочный фасад около 1700, в 1709/1710 г. был сооружён барочный алтарь (проект Иоганна Бернхарда Фишера фон Эрлаха). Крупнейшим произведением маньеристической архитектуры в Зальцбурге стала летняя загородная резиденция князей-архиепископов Хельбрунн (южная часть современного города), построенная по образцу итальянского пригородного поместья (villa suburbana). Дворец и парк с фонтанами построены в 1613–1615 гг. по проекту С. Солари, архитектора из швейцарского кантона Лугано. Ему же было поручено строительство нового кафедрального собора святых Руперта и Виргилия, ставшего одним из первых на немецкоязычных землях сооружений в стиле барокко. Первоначальная трёхнефная базилика (767–774 гг.), освящённая св. Виргилием, несколько раз перестраивалась и полностью сгорела в 1167 г. Следующий собор, заложенный епископом Конрадом (Konradinische Dom), был крупнейшим в заальпийской Европе (сгорел в 1598 г.). Проект современного собора был создан архитектором и теоретиком архитектуры Винченцо Скамоцци (1604–1612 гг.) и построен в 1614–1628 гг. С. Солари с уменьшением на две трети размера и другими изменениями первоначального проекта. Здание было возведено с частичным использованием фундаментов предыдущих построек, однако переориентировано на 90° и значительно превзошло их по размеру (101х69 м, высота башен 81 м, купола 71 м, главного нефа 32 м). Собор представляет собой трёхнефную базилику с трансептом, рукава которого, как и главный неф, завершены полуциркульными апсидами. Основной объём здания, оштукатуренный и почти лишённый декора, противопоставлен двухбашенному западному фасаду, облицованному мрамором и оживлённому светотеневой моделировкой пилястр и оконных обрамлений. Купол на восьмигранном барабане и часть трансепта были разрушены снарядом в 1944 г. (единственный ущерб, причинённый архитектуре Зальцбурга во время Второй мировой войны); к 1959 г. собор восстановили. Если интерьер собора, сфокусированный на обширном, хорошо освещённом средокрестии с мощными пилонами, воспроизводит пространство собора св. Петра в Риме, то восточная трёхконховая часть напоминает аскетичные кирпичные экстерьеры венецианских церквей, в том числе Сан-Джорджо Маджоре и Иль Реденторе (архитектор Аантонио Палладио).