Осенью 1414 г. Забарелла сопровождал туда Иоанна XXIII. Как его представитель с ноября 1414 г. принимал активное участие в работе Собора, председательствовал на заседаниях. После того как Иоанн XXIII отказался отречься от Папского престола и бежал из города (20 марта 1415 г.), Забарелла остался на Соборе и вёл с ним переговоры. 29 мая 1415 г. Констанцский собор вынес решение о низложении Иоанна XXIII (папа Григорий XII добровольно отрёкся от Римского престола, антипапа Бенедикт XIII был лишён власти по решению Собора). Новый папа Мартин V был избран Собором 21 ноября 1417 г. Забарелла принимал участие в составлении декрета «Haec sancta» (1415 г.), одного из программных документов Соборного движения. Участвовал в судебных разбирательствах по делам Яна Гуса, Иеронима Пражского, Иоанна Малого. Траурный кортеж на похоронах Забареллы возглавил император Сигизмунд I. Сначала Забарелла был похоронен во францисканской церкви в Констанце, затем его тело было перенесено в кафедральный собор Падуи. Главным сочинением Забареллы считается трактат «De schismatibus auctoritate imperatoris tollendis seu De schismate pontificum tractatus» («Трактат о схизматиках, которых надлежит устранить властью императора, или О схизме пап»). Сочинение состоит из трактатов, написанных в разное время (1402, 1405, 1406, 1408 гг.), и содержит предложения по преодолению схизмы католической церкви в духе Соборного движения (в историографии Забареллу относят к представителям умеренного концилиаризма). Первый трактат, где излагалась соборная теория прекращения схизмы, был написан для герцога да Каррара. В 1404 г. Забарелла добавил к нему введение и описание пяти путей (modi) для объединения католической церкви. В ноябре 1408 г. присоединил первую и третью части: первая часть представляла собой толкование на декрет третьего Латеранского собора (1179 г.) о папских выборах, в третьей части Забарелла развил теорию о соборном пути преодоления схизмы. Канонист обратился к идеям французского богослова Жана Жерсона о церкви как о сообществе верующих, возглавляемом Римским папой и обладающем полнотой власти (plenitudo potestatis), которая в период схизмы или вакации Папского престола делегируется Вселенскому собору.