Как и другие профессора-юристы Падуанского университета, участвовал в городском судопроизводстве (с 1391 г. входил в состав городской коллегии судей, исполнял функции апелляционного судьи в герцогском суде, а также третейского судьи). В 1385 г. Забарелла получил в качестве бенефиция должность викария Флорентийского епископа Анджело Аччаюоли. По протекции городских властей Флоренции также в качестве бенефиция получил приход Санта-Мария ин Импрунета под Флоренцией. В конце 1397 г. папа Бонифаций IX вызвал его в Рим для совета о способах прекращения схизмы в католической церкви (1378–1417 гг.). Во время этой поездки Забарелла прочитал публичную лекцию в соборе св. Петра, предметом которой было толкование на канон «Liber Extra», – «Dilectus filius G. clericus» (текст выступления сохранился). В 1398 г. в качестве бенефиция Забарелла получил должность архипресвитера кафедрального собора Падуи. В 1409 г. избран епископом Падуи, но под давлением Венеции папа Григорий XII назначил на кафедру венецианца Пьетро Марчелло. Антипапа Иоанн XXIII, который был знаком с Забареллой и благоволил к нему, утвердил его избрание на Флорентийскую кафедру (избран 18 июля, утверждён 16 сентября 1410 г.) и, сделав своим референдарием, призвал в Римскую курию. Однако во епископа Забарелла рукоположён не был (как полагают исследователи, он не имел и сана пресвитера). До возведения в кардиналы именовался electus Florentinus (избранный епископ Флорентийский), в завещании Забарелла называл себя clericus beneficiatus (клирик-бенефициарий). На консистории 6 июня 1411 г. Иоанн XXIII возвёл его в достоинство кардинала-диакона церкви святых Космы и Дамиана на Римском форуме. В этот период кардиналы-диаконы, как правило, не рукополагались во епископа. В 1413 г. исполнял обязанности казначея коллегии кардиналов. Забарелла принял участие в Римском соборе (1412–1413 гг.), созванном для преодоления церковной схизмы. На открытии Собора выступил против учения Джона Уиклифа, книги которого Собор постановил сжечь как еретические. В октябре 1413 г. Иоанн XXIII отправил Забареллу и кардинала Антонио де Шаллана легатами к германскому императору Сигизмунду I для переговоров о продолжении работы Собора; тогда была достигнута договорённость о созыве нового Собора 1 ноября 1414 г. в Констанце.