В ноябре 1946 г. Христофор II встретился с делегацией Московской патриархии, возглавляемой Ленинградским  митрополитом Григорием (Чуковым). Цель поездки заключалась в «деловых переговорах по текущим обще церковным вопросам и о православных русских общинах». Под давление Русской церкви, поддерживаемой в этом вопросе советской властью, греческие структуры в Африке были вынуждены признать право русских на независимую религиозную жизнь в диаспоре. Кроме того, в целях материальной поддержки было принято решение о ежегодном субсидировании православных братьев в Египте со стороны Советского правительства. В 1950 г. Архиерейский Синод Русской православной церкви заграницей прислал к оставшимся в его подчинении приходам в Северной Африке епископа Пантелеимона (Рудыку) с цель организовать здесь епархию, что вызвало решительный протест со стороны патриарха Христофора II, воспринявшего такой шаг как посягательство на свою каноническую территорию. Он запретил своему духовенству сослужить с представителями Русской зарубежной церкви (запрет был снят лишь после отъезда епископа Пантелеимона из Африки). В 1955 г. Московский патриарх Алексей I разослал приглашения всем предстоятелям поместных православных церквей прибыть на торжества преподобного Сергия Радонежского, но из всех предстоятелей откликнулся лишь патриарх Христофор II. В Советском Союзе патриарх, как всегда, был торжественно встречен, и Советское правительство пригласило его в Ялту для прохождения курса лечения под наблюдением русских врачей. Вернувшись из СССР, Христофор II открыто говорил о помощи, оказанной ему Русской церковью. Столь однозначная ориентация Христофора II на Москву вызывала неудовольствие как Запада, так и Константинополя. Учитывая крайне напряжённые отношения между патриархом Христофором II и его Синодом, они добились нужного решения: 11 июля Синод Александрийской церкви вынес постановление, разосланное всем предостоятелям православных церквей, в котором заявлялось: «Поездка Патриарха является частным делом Патриарха и Его Блаженство ни в какой мере не представляет Александрийскую Церковь… Эта поездка достойна осуждения, и члены Синода находятся в неприятной для них обязанности открыто поездку осудить. …Все решения и действия Патриарха, совершённые во время его пребывания вне пределов его юрисдикции, неканоничны, заранее осуждаются и будут рассмотрены недействительными и не бывшими». Иерарх Константинопольского патриархата архиепископ Северной и Южной Америки Михаил (Констанидис) в своём письме выражал возмущение по поводу поездки патриарха Христофора: «…Можно ли говорить о прощении и забвении по отношению тех, у которых тысячи жертв на совести и которые даже не просят прощения и не выражают никакого сожаления… Принял ли бы Епископ Александрийский или Антиохийский приглашение Нерона или Диоклетиана прибыть на отдых и врачебное исследование…» Несмотря на протесты, в мае 1958 г. патриарх Христофор II вновь посетил пределы Русской церкви по случаю празднования 40-летия восстановления патриаршества в Русской православной церкви. В Москве он выразил благодарность патриарху Алексию I за всё, что Московская церковь сделала и делает для Восточных церквей. В ноябре 1960 г. Московский патриарх Алексий I вторично прибыл в Египет. На торжественных богослужениях в кафедральном Соборе Святого Саввы присутствовали представители Коптской, Армянской, католической и реформатской церквей, а также иудеи. Присутствовали также консулы США, греческий, бельгийский и др. В речах и в конечном коммюнике говорилось о необходимости для православной церкви восстать за мир и противостоять проискам колониалистов. Впрочем, отношение патриарха Христофора II к экуменическому движению было отрицательным, как и к многочисленным протестантским проповедникам, которых он резко осуждал за прозелитизм.