Большой резонанс получило рукоположение трёх иереев, которые до этого были активными англиканскими проповедниками. Александрийская церковь принимала участие во Всеправославной конференции, которая состоялась на о-ве Родос (Греция) в 1961 г. В последние пятнадцать лет патриаршества Христофор II из-за конфликта с епархиальными архиереями не созывал Синод, что ещё сильнее обострило отношения. Вместо Синода патриарх поручил специально им назначенным митрополитам Ермупольскому Евангелию и Иринопольскому Николаю (который впоследствии стал патриархом Николаем VI; 1958 – 1986 гг.), вести часть дел патриархии. Это вызвало нестроения в управлении церковью, что привело к появлению оппозиции и вынудило патриарха 16 ноября 1966 г. уйти на покой по состоянию здоровья. Некоторое время спустя (23 июля 1967 г.) он скончался. При нём были восстановлены отношения между Московским и Александрийским патриархатами. 13 января 1942 г. патриарх Христофор II направил Патриаршему Местоблюстителю митрополиту Сергию (Страгородскому) телеграмму с выражением молитвенной поддержки русскому народу, на долю которого выпали тягчайшие испытания Великой Отечественной войны. После избрания митрополита Сергия Патриархом Московским и всея Руси (1943–1944 гг.) патриарх Христофор II братским посланием в день Рождества Христова приветствовал патриарха Сергия и выразил надежду на скорейшую победу союзных армий. В январе 1945 г. он присутствовал на поместном Соборе Русской православной церкви, подписал вместе с другими представителями «обращение к народам мира». Вместе с другими патриархами и предостоятелями Христофор II принял участие в интронизации патриарха Алексия I (1945–1970 гг.). На торжественном обеде он сказал речь, в которой отметил, что Русская православная церковь является «прекрасной дочерью Апостольских Церквей Востока» и, как таковая, всегда и всеми силами помогала четырём патриархиям и родственно заботилась о них и о Святых Местах Востока». Русская церковь, указал патриарх, оказывала внимание и помощь во всех временных затруднениях и нуждах Восточных церквей. Вернувшись в Египет, Христофор II известил патриарха Алексия I о том, что весь греческий православный мир выражает нетерпение встретить у себя Московского патриарха. В ожидании приезда Христофор II устроил ряд собраний, на которых убедил свою паству в том, что «Православная Церковь в настоящее время в России пользуется в полной мере любовью и уважением руководителей страны». То же самое было заявлено патриархом в интервью каирской франкоязычной газете «Египетский Голос». В 1945 г. Московский  патриарх Алексий I посетил братские Восточные церкви (в том числе, 6 по 15 июня он пробыл в Египте). В Каире патриарх Алексий I встретился с патриархом Христофором II. Камнем преткновения в отношениях Московского и Александрийского патриархатов являлись на тот момент русскоязычные православные приходы в северо-восточной Африке, появившиеся в начале 1920 гг. и находившиеся в подчинении заграничных русских иерархов. С конца 1920 гг. Александрийская православная церковь безуспешно пыталась переподчинить эти приходы себе. На поместном Соборе в январе 1945 г. было постановлено в присутствии патриарха Христофора II, «поминать имя патриарха Алексия во всех заграничных русских церквах». Тем не менее, не все эмигранты починились этому решению. Русская паства в Северной Африке оставалась расколотой на три юрисдикции: Московского патриархата, Русской зарубежной церкви и Западноевропейского экзархата Константинопольского патриархата. В этих условиях патриарх Христофор II издаёт циркуляр за № 406 от 15 февраля 1946 г., призывающий всю марокканскую русскую паству повиноваться лишь ему, Александрийскому патриарху, и поминать за богослужениями имя его одного (данный циркуляр не был приведён в исполнение).