По мнению лидеров «инициативников» Геннадия Константиновича Крючкова и Георгия Петровича Винса, даже отменив принятые документы, руководители ВСЕХБ являются отлучёнными, т.к. не отказываются от сотрудничества с безбожным государством. По данным ВСЕХБ, в СЦ ЕХБ на 1 января 1972 г. входили 452 незарегистрированные общины (около 18 тыс. человек). ВСЕХБ провёл съезды в 1969, 1974, 1979, 1985 гг., где, в основном, обсуждались вопросы численности братства. В 1985 г. был принят новый вариант вероучения евангельских христиан-баптистов. В документах съезда сообщалось о том, что особой заботой союза являются беседы о единении с христианами веры евангельской, братскими меннонитами внутри союза, а также с автономными христианами веры евангельской и евангельскими христианами-баптистами. В отношении «инициативников» было решено, что «их деятельность в отношении братства ВСЕХБ противоречит евангельскому учению». В докладе секретарь ВСЕХБ Алексей Михайлович Бычков говорил о фактах, которые свидетельствуют об оживлении религиозной жизни: «Многие церкви христиан веры евангельской и евангельских христиан-баптистов выходят на открытое служение. Одни входят во ВСЕХБ, другие сохраняют независимость. Это – право каждой поместной церкви». В материалах съезда отмечалось, что с 1979 по 1985 гг. на библейских курсах (открыты в 1968 г.) обучались 369 человек, окончили 214 служителей, из них 164 с пасторской подготовкой и 50 регентов. Продолжал выходить журнал «Братский вестник» (создан в 1945 г.). ВСЕХБ поддерживал тесные связи с международными протестантскими организациями: Баптистским всемирным альянсом, Европейским союзом баптистов, Южной баптистской конвенцией и др. Вместе с РПЦ Союз ЕХБ принимал участие в экуменической деятельности и в работе Всемирного совета церквей. В рамках советской внешней политики руководство союза регулярно участвовало в международных миротворческих встречах. После начала перестройки при сохранении структуры централизованной организации ВСЕХБ на съезде в 1990 г. был принят новый устав, положения которого давали самостоятельность общинам в решении внутрицерковных вопросов, в избрании пресвитеров и диаконов, в приёме и отлучении членов и активизировали миссионерскую деятельность. Съезд принял также обращение к Михаилу Сергеевичу Горбачёву с требованиями большей свободы для церквей, предоставления им всех юридических прав. Президиум ВСЕХБ принёс слова покаяния «за допущенные отступления от верности благовестию в 60-х гг., за издание документов, ограничивавших свидетельство церквей окружающему миру». Союз обещал «заботиться о духовно-нравственном возрождении народов СССР». На этом съезде ВСЕХБ был переименован в СЕХБ (Союз ЕХБ), а в 1992 г. СЕХБ преобразовали в Федерацию Союзов ЕХБ.