В 1946 г. присоединилось 25 общин свободных христиан-дарбистов из Закарпатья, в 1947 г. – евангельские христиане в духе апостолов (так называемые единственники) – пятидесятники-унитарии. Крещение единственников «во имя Иисуса Христа» было признано равносильным баптистскому, хотя им рекомендовалось принять единую формулу: «Во имя Отца и Сына и Святого Духа». В этом же году в состав ВСЕХБ вошли евангельские христиане-трезвенники; всего с 1945 по 1947 гг. присоединилось около 70 общин Союза церквей Христовых, находившихся на территориях Западной Белоруссии и Западной Украины и вошедших в состав СССР после Второй мировой войны. В 1965 г. к ВСЕХБ присоединились общины братских меннонитов. До этого времени беспрепятственно совершалась обязательная повсеместная регистрация общин, в дальнейшем тем, кто не успели зарегистрироваться до 1948 г., в этом было отказано. В СССР ВСЕХБ был единственной разрешённой протестантской организацией. В 1947 г. во ВСЕХБ крестились 350 тыс. человек, в 1954 г. – 12 тыс. человек, официально во ВСЕХБ было 5400 приходов, в которые входило 512 тыс. человек. В начале 1960 г. все старшие пресвитеры ВСЕХБ получили «Инструктивное письмо» от Совета Союза, в котором им предписывалось не увлекаться проповедями, сдерживать «нездоровые миссионерские проявления», не вести работу за пределами общины, сократить крещение молодёжи, не крестить школьников, студентов, солдат и не допускать на собрания детей дошкольного и школьного возраста. В то же время было разработано новое Положение о Союзе ЕХБ в СССР. В августе 1961 г. в церкви в города Узловая Тульской области была организована инициативная группа по созыву съезда. «Инициативники» выразили недовольство политикой ВСЕХБ и добивались проведения всесоюзного съезда, что было не предусмотрено Положением о ВСЕХБ 1944 г. Когда неоднократные обращения во ВСЕХБ не принесли результата, инициативная группа разослала по всем общинам письма, в которых предлагала отделиться от ВСЕХБ. К 1965 г. к образованному «инициативниками» Совету церквей ЕХБ (СЦ ЕХБ) присоединилось около 100 общин, вышедших из ВСЕХБ (около 10 тыс. человек). Всесоюзные съезды ВСЕХБ, состоявшиеся в 1963 и 1966 гг., также не привели ни к каким результатам, хотя на съездах были отменены вызвавшие недовольство нормативные документы и лидеры ВСЕХБ покаялись в своих ошибках перед братством. СЦ ЕХБ заявил, что сотрудничать с ВСЕХБ – значит сотрудничать с атеистами.