Братство учредило несколько стипендий для учащихся Холмских духовной семинарии и духовного училища, в 1882 г. открыло церковно-археологический музей с обширным собранием памятников церковной старины Холмской Руси, издавало душеполезную литературу. Большое значение в жизни Варшавской епархии имело Свято-Николаевское братство, открытое в 1877 г. при Николаевской церкви в Замостье, с 1888 г. состоявшее под покровительством великого князя Владимира Александровича. Братство противодействовало католической пропаганде и помогало воссоединению униатов с православием. Оно создало приют для мальчиков, содействовало устроению церковных хоров и сельских школ, помогало нуждающимся. К концу 1877 г. в Замостском братстве состояли 392 человека, в 1902–1903 гг. – 314 человек. В 1887 г. было открыто братство при кафедральном Троицком соборе в Варшаве, занимавшееся попечением о православном воспитании детей от смешанных браков, преимущественно сирот. Братство в 1888–1889 гг. насчитывало 870, в 1904 г. – 980 членов. После издания в 1881 г. общего братского устава были возобновлены или учреждены и другие братства, к 1895 г. их в Варшавской епархии насчитывалось 319. После преобразования Варшавского викариатства в самостоятельную епархию продолжили свою деятельность ранее созданные духовные училища в Варшаве и начальное училище в Яблочинском преподобного Онуфрия мужском монастыре. В 1868 г. Варшавское духовное училище было изъято из подчинения Волынской духовной семинарии и передано в ведение епархиального архиерея, в 1878 г. училище получило новое двухэтажное здание, число учащихся возросло с 40 до 124 человек. В начале 1875 г. униатские семинария и училище в Холме были обращены в православные и переданы в ведение Синода, Холмская духовная семинария была поставлена под надзор Люблинского епископа. В 1882–1887 гг. семинарию и школу причётников при кафедральном соборе в Холме преобразовали по образцу других семинарий и училищ Российской империи. В 1897 г. при Яблочинском монастыре открылась годичная школа псаломщиков, там же существовало училище рисования для подготовки иконописцев. Во время Первой мировой войны часть духовных учебных заведений были эвакуированы, большинство прекратили существование. При архиепископе Иоанникии (Горском) в епархии были открыты многочисленные начальные училища и церковноприходские школы. В 1886 г. начала работу школа при Леснинском женском монастыре с обучением по программе двухклассных церковноприходских школ. В 1877 г. в Варшавской епархии насчитывалось 33 школы и училища, существовавшие при храмах, из них лишь две содержались за счёт епархии (в Яблочинском монастыре и при церкви Марии Магдалины в Варшаве), 29 находились в ведении Министерства народного просвещения и две – в ведении таможенного ведомства.