С 1868 г. Варшавская епархия подчинялась Синоду на основаниях, общих с другими епархиями РПЦ. После подавления восстания 1863–1864 гг. русское правительство приняло меры для поддержки и координации строительства православных храмов в Польше, был открыт ежегодный церковно-строительный кредит в 25 тыс. руб., на эти средства должны были строиться два храма в год. В 1866 г. Комитет по делам Царства Польского принял решение о выделении на строительство православных храмов в Польше по 100 тыс. руб. ежегодно в течение восьми лет. За счёт церковно-строительного кредита были возведены: современный кафедральный собор Польской автокефальной православной церкви (ПАПЦ) – храм равноапостольной Марии Магдалины в варшавском предместье Прага (заложен в 1867 г., освящён в 1869 г.), Свято-Духовский храм в городе Седлеце (освящён в 1869 г.), Вознесенский храм в Кельцах (освящён в 1870 г.), храм во имя Всех святых в Петрокове (освящён в 1870 г.), Свято-Троицкий храм в городе Рава Петроковской губернии (освящён в 1870 г.), церковь во имя равноапостольных Кирилла и Мефодия в Ченстохове (освящена в 1872 г.), церковь во имя Александра Невского в Кибартах (1870 г.). К 1874 г. (времени окончания кредита) вместо предполагавшихся 37 храмовых зданий были возведены лишь восемь, и начата постройка ещё трёх. По ходатайству архиепископа Иоанникия Государственный совет Российской империи обязал Министерство внутренних дел продолжать ежегодные выплаты в размере 100 тыс. руб. на строительство православных храмов в Привислинском крае. Помимо реализации церковно-строительного кредита храмы в Варшавской епархии строились и на средства, выделяемые как государством, так и частными жертвователями. Таким образом были возведены православные храмы в городах Люблинской губернии Тарногрод (1864 г.), Грубешов (1867 г.) и Бела (1867 г.). В 1868 г. в здании бывшего католического Свято-Духовского костёла в Холме устроили православный собор в честь Сошествия Святого Духа (освящён в 1870 г.). В Плоцке были освящены Преображенская (1867 г.) и кладбищенская Михаило-Архангельская (1871 г.) церкви. Кроме того, количество храмов Варшавской епархии увеличивалось за счёт церквей, переданных епархии Военным министерством: в 1864 г. Иоанно-Богословский храм в Холме (построен в 1852 г.), в 1867 г. – крепостная церковь в городе Замостье, в 1868 г. – госпитальный храм в Ловиче. К 1875 г. число православных храмов в епархии достигло 60. С 1874 г. Синод выделял по 2 тыс. руб. ежегодно на окормление клириками епархии паствы в районах, где не было храмов. После 1864 г. российские власти принимали активные меры к воссоединению с православием проживавших в Холмском крае униатов. Главным деятелем воссоединения стал протоиерей Маркелл Попель (впоследствии епископ Люблинский, викарий Варшавской епархии), в 1871 г. назначенный администратором униатской Холмской епархии. 1 мая 1875 г. Синод издал постановление о присоединении к православию униатской Холмской епархии (268 храмов и около 250 тыс. человек), для управления возвращёнными из унии приходами было учреждено Люблинское викариатство Варшавской епархии, Варшавский архиерей стал титуловаться «Холмский и Варшавский».