16 сентября 1988 г. на учредительной конференции Советского фонда милосердия и здоровья был избран членом президиума и правления фонда. В 1988 г. был членом Центральной избирательной комиссии по выборам народных депутатов СССР. С 10 апреля 1989 г. возглавлял комиссию по изучению материалов, относящихся к реабилитации духовенства и мирян Русской православной церкви, созданную в декабре 1988 г. 3 мая 1990 г. был назначен председателем комиссии по организации и проведению похорон патриарха Пимена, затем входил в комиссию Священного Синода по подготовке поместного Собора РПЦ 1990 г. Являлся одним из трёх кандидатов на патриарший престол, был вторым по числу поданных за него на Соборе голосов. Поместный Собор избрал Патриархом Московским и всея Руси Ленинградского и Новгородского митрополита Алексия (Ридигера). Третьим кандидатом был Местоблюститель Патриаршего Престола Киевский и Галицкий митрополит Филарет (Денисенко). В это же время в политической жизни УССР активно проходили процессы, которые привели к провозглашению Украины независимым государством. Эти процессы отразились на церковной жизни. В 1989 г. объявила о своём воссоздании раскольническая Украинская автокефальная православная церковь (УАПЦ), власти активно поддерживали распространение на Украине приходов Украинской греко-католической церкви, чрезвычайно острые формы приняло межконфессиональное противостояние на Западной Украине. Для повышения авторитета священноначалия православной церкви на Украине Архиерейский Собор РПЦ 30–31 января 1990 г. принял новое «Положение об Экзархатах», предоставившее Украинскому экзархату больше прав в самоуправлении. 10 июля 1990 г. Синод Украинского экзархата направил Синоду Русской православной церкви принятое 9 июля «Обращение епископата Украинской Православной Церкви к Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II и Священному Синоду РПЦ», главным пунктом которого была просьба о предоставлении Украинской церкви независимости и самостоятельности в управлении. Архиерейский Собор РПЦ 25–27 октября 1990 г. принял Определение об УПЦ, которым предоставил УПЦ независимость и самостоятельность в управлении. Наименование «Украинский Экзархат» было упразднено, а Предстоятелю УПЦ был усвоен титул «Блаженнейший митрополит Киевский и всея Украины». 1–3 ноября 1991 г. в Киево-Печерской в честь Успения Пресвятой Богородице лавре прошёл Собор УПЦ, на котором было решено «обратиться к Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II и епископату РПЦ с просьбой даровать УПЦ полную каноническую самостоятельность, т.е. автокефалию».