В обители с благословения Варлаама процветало искусство книгописания. Монастырская библиотека пополнилась певческими сборниками. В центре забот игумена был и хор, состоявший из 21 клирошанина. В 1578 г. в монастырскую казну Варлаам внёс установленную сумму на сорокоусты – 20 алтын (0,6 руб.) «по брате своем, по Саве». В 1580 г. участвовал в заседании церковного Собора, подписавшись под его решением «о неотъятии у монастырей их вотчин, о невложении новых». Вскоре Варлаам оставляет Соловецкую обитель. В июне 1581 г. старец Протасий получил 10 руб. и был «послан бывшаго игумена Варлама провожать до Кириллова монастыря». Некоторое время Варлаам, очевидно, пребывал в Кирилловом Белозерском монастыре «на покое», затем он упоминается как игумен Зосимова Ворбозомского Благовещенского монастыря (1583 г.) и архимандрит Владимиро-Рождественского монастыря (1583–1584 гг.), игравшего видную роль в церковной, культурной и политической жизни России. С 1584 г., по распоряжению царя Ивана Васильевича, Варлаам вновь управляет Кирилловым Белозерским монастырём. Приступая к обязанностям игумена, он передаёт в качестве вклада образ соловецких чудотворцев, серебряную чашу, книги (всего на 114,1 руб.). При нём в обители ведётся большое строительство, расширяются промыслы и земельные владения. Участвуя в Соборе 1584 г., он снова подписал решение о сохранении монастырской земли. В 1587 г. Варлаам был поставлен во архиепископа Ростовского. В этом сане выдвигался вместе с Московским митрополитом Иовом и Новгородским митрополитом Александром на патриарший престол и участвовал в избрании первого патриарха всея Руси в Москве в 1589 г. В том же году был возведён патриархом в сан митрополита Ростовского, Ярославского и Белозерского. Вероятно, в Ростове Варлаам создал похвальный канон ростовскому Иоанну Власатому (Милостивому; ум. в 1580 г.). В 1592 г. присутствовал при избрании и хиротонии Новгородского митрополита Варлаама. Присутствовал Варлаам и на московском Земском соборе 1598 г., избравшем на царство Бориса Годунова, и расписался на обороте Утвердительной грамоты. Будучи митрополитом, он не раз посылал вклады в Кириллов Белозерский монастырь. В описи этого монастыря за 1601 г. упоминаются пожалованные им «образ Пречистые Богородицы с ростовскими чюдотворцы», книги, одежды. Варлаам известен как распевщик. В знаменитом «Предисловии, откуду и от какого времени начася в нашей Рустей земли осмогласное пение» (1630 гг.) отмечается, что московский распевщик Феодор Христианин «сказывал своим ученикам, что в Велицем Нове граде были старыя мастеры Сава Рогов да брат его Василий, во иноцех Варлам... Вельми был муж благоговейн и мудр зело, пети был горазд, знаменному, и трестрочному, и демественному пению был роспевщик и творец». Произведения Варлаама, очевидно, первыми исполняли хоры возглавлявшихся им монастырей, а позже – ростовский архиерейский хор. Исследователи считают вполне возможным, что среди песнопений безымянных кирилловского и соловецкого распевов есть и творения Варлаама.