В 1910–1920 гг. во Второафонском монастыре проживали около 50 человек братии, с 1913 г. наместником был иеромонах Иоанн (Мирошников), с 1920 г. – монах Давид. В начале 1920 гг. большинство окрестных приходов захватили обновленческие клирики, Второафонский монастырь оставался единственным оплотом православия в районе Кавказских Минеральных Вод. С 1922 г. во Второафонском монастыре размещались детский приют и санаторий для инвалидов. В начале 1929 г. монастырь был закрыт, часть иноков ушли в горы, многие были репрессированы. Один из чтимых подвижников Второафонского монастыря, иеросхимонах Стефан (Игнатенко; 1886–1973 гг.), вместе с другими насельниками скрывался в горах Псху, близ Сухума, в 1930–1937 гг. в Грузии, затем вернулся во Владикавказ. Бывший наместник Второафонского монастыря, схиархимонах Иоанн (Мирошников), служил в Пятигорске (в 1956 г. похоронен у Покровской церкви). В 1940–1950 гг. почти все постройки Второафонского монастыря были уничтожены. Некоторое время в Успенском соборе размещалось общество пролетарского туризма и экскурсий, затем храм взорвали. Надгробия с могил монастырского кладбища использовали при строительстве дороги в Черкесске. На территории монастыря находились турбаза, дом отдыха сотрудников НКВД, пионерский лагерь, интернат для детей испанских коммунистов, расстрелянных в 1942 г. фашистами во время оккупации Кавказских Минеральных Вод. В июле 1991 г. по благословению Ставропольского митрополита Гедеона (Докукина) на месте разрушенного Успенского храма был отслужен первый молебен. Решением Священного Синода 6 октября 2000 г. Второафонский монастырь был открыт, настоятелем назначен архимандрит Власий (Тюрин), с 2002 г. – архимандрит Силуан (Хараим). 28 августа 2001 г. во Второафонском монастыре митрополитом Гедеоном (Докукиным) был освящён храм во имя Георгия Победоносца. К февралю 2005 г. в монастыре проживали двадцать человек братии, были построены братский и настоятельский корпуса, на месте Успенского храма строилась часовня, планировалось строительство собора, архиерейского корпуса и звонницы. Во Второафонском монастыре находятся частицы мощей великомученика Пантелеимона, Димитрия Ростовского, преподобных Киево-Печерских, Серафима Саровского, Максима Грека, Сергия Радонежского, великой княгини Елизаветы Фёдоровны, а также образ апостола Иоанна Богослова, написанный на Афоне в конце XIX в.