Иерусалимский патриарх Дамиан передал монастырю икону Воскресения Христова, епископ Гедеон (Покровский) – образ Серафима Саровского, братия афонских Xиландарского, Пантелеимоновского монастырей и Андреевского скита – иконы «Сладкое целование», великомученика Пантелеимона, апостола Андрея Первозванного и др. 9–10 января 1906 г. Успенский храм и примыкавший к нему келейный корпус сгорели, сохранилось несколько икон из иконостаса. На средства императора Николая II (500 руб.), великого князя Дмитpия Константиновича (100 руб.) и другие пожертвования был построен и 15 августа 1906 г. освящён новый Успенский собор с деревянным резным иконостасом. Среди его святынь были копия чудотворного образа Успения из Киево-Печерской лавры и Тихвинская икона XVI в., пожалованная обители в 1908 г. тихвинским архимандритом Иоанникием. После проведённой в мае 1909 г. ревизии деятельность иеросхимонаха Герасима, «разногласия и ссоры между братией», монашеский статус которых оставался неопределённым, вызвали нарекания нового Владикавказского епископа Агапита (Вишневского). Назначенный настоятелем монастыря иеросхимонах Варсонофий вскоре был убит при невыясненных обстоятельствах. Епископ Пятигорский Арсений (Смоленец), назначенный 24 октября 1910 г. настоятелем Второафонского монастыря, ввёл строгий общежительный устав, упразднил келейную трапезу, запретил собирать пожертвования за стенами монастыря. Ежегодно из Пятигорска в монастырь совершались два крестных хода: в день престольного праздника (14 августа) и в день памяти равноапостольных Кирилла и Мефодия (11 мая), называвшийся «детским», т.к. в нём участвовали учащиеся приходских школ. В начале XX в. Второафонский монастырь владел молочной фермой (30 коров), огородом, пасекой, фруктовым садом, 120 десятинами казённой земли с сенокосами на Бештаугорской казённой даче, мельницей в станице Суворовской. В Пятигорске на Царской улице по проекту архитектора С.И. Тущина было построено подворье с церковью преподобного Серафима Саровского (освящена 19 июля 1907 г.), келейным корпусом, архиерейскими покоями и типографией. В 1908–1909 гг. на подворье пребывал на покое епископ Владикавказский Гедеон (Покровский), с 1917 г. – митрополит Питирим (Окнов). В годы Первой мировой войны 25 насельников Второафонского монастыря ушли на фронт в качестве братьев милосердия, в обители был устроен лазарет на десять кроватей с полным содержанием для раненых.