Был видным деятелем еврейского движения в России. Активно участвовал в работе Общества для распространения просвещения среди евреев, руководил созданием организованной при нём историко-этнографической комиссии, которая занималась собиранием материалов по истории евреев в России (в 1908 г. она была преобразована в Еврейское историко-этнографическое общество). Публиковал статьи в журналах «Восход» и «Еврейская старина». В 1905 г. был одним из учредителей Союза для достижения полноправия еврейского народа в России, председательствовал на его съездах. С 1907 г. был лидером Еврейской народной группы. Собрал небольшую коллекцию картин, занимался меценатской деятельностью, поддерживал молодого Марка Захаровича (Моисея Хацкелевича) Шагала, дал ему стипендию для учёбы в Париже. После смерти М.М. Винавера Марк Шагал писал: «С большой грустью скажу сегодня, что с ним умер и мой близкий, почти отец. Всматривались ли вы в его переливчатые глаза, его ресницы, ритмично опускавшиеся и подымавшиеся, в его тонкий разрез губ, светло-каштановый цвет его бороды пятнадцать лет тому назад, овал лица, которого, увы, я, из-за моего стеснения, так и не успел нарисовать. И хоть разница между моим отцом и им была та, что отец лишь в синагогу ходил, а Винавер был избранником народа, – они всё же были несколько похожи друг на друга. Отец меня родил, а Винавер сделал художником. Без него я, верно, был бы фотографом в Витебске, и о Париже не имел бы понятия». В 1904–1905 гг. М.М. Винавер входил в Союз освобождения. В 1905 г. стал одним из основателей и лидеров Конституционно-демократической партии (Партии народной свободы), председательствовал на её учредительном съезде в Москве, был избран в состав центрального комитета. Был одним из главных теоретиков партии. В 1906 г. – член первой Государственной думы от Петербурга, был членом её Редакционной комиссии. После роспуска Думы в числе других оппозиционных депутатов подписал «Выборгское соглашение», в котором содержался призыв не платить налоги и не поступать на армейскую службу вплоть до созыва народного представительства. Был приговорён к трём месяцам лишения свободы, что означало запрет на избрание в Думу последующих созывов. Наказание отбывал в Петербургской тюрьме «Кресты», одновременно с Владимиром Дмитриевичем Набоковым. Продолжал участвовать в деятельности кадетской партии. После Февральской революции 1917 г. входил в состав Особого совещания по выработке закона о выборах в Учредительное собрание.