Его взгляды в России воспринимали как новаторские, защищающие национальное наследие, призывающие вернуться к народным истокам искусства. Дискуссии о происхождении древнерусского церковного искусства и его значении для современной России послужила книга Э.Э. Виолле-ле-Дюка о русском искусстве («L'Art russe: Ses origines, ses éléments constitutifs, son apogée, son avenir». Париж, 1877 г.) в переводе Николая Владимировича Султанова («Русское искусство: его источники, его составные элементы, его высшее развитие, его будущность». М., 1879 г.). Написанная на основе материалов, полученных из России («Древности Российского государства» и французский перевод «Истории Государства Российского» Николая Михайловича Карамзина), книга вызвала резко отрицательную реакцию многих учёных и архитекторов, мнение которых выразили в особых работах Фёдор Иванович Буслаев, один из основателей Археологической комиссии, Сергей Григорьевич Строганов, архитектор Владимир Васильевич Суслов. Несмотря на стремление Э.Э. Виолле-ле-Дюка «вытолкать Россию из Европы в Азию» (Ф.И. Буслаев), книга принесла развитию русского искусствознания и архитектуры пользу, позволив взглянуть на национальное искусство со стороны. Отказываясь причислить древнерусское искусство к европейскому, Э.Э. Виолле-ле-Дюк предложил свою схему его происхождения, близкую «евразийской», и назвал Русь «лабораторией, в которой искусства, занесённые со всех концов Азии, соединились вместе для принятия формы, средней между миром восточным и миром западным». Это искусство он охарактеризовал как средневековое и обосновал тезис о его самостоятельности; формы русского церковного зодчества виделись Э.Э. Виолле-ле-Дюку не подражанием, а развитием исходных (не только византийских) образцов, к XV в. достигших самобытности, а в XVI в. давших подлинные шедевры. Э.Э. Виолле-ле-Дюк рассматривал процесс развития искусства не как произвольный выбор форм, а как результат сложившихся географических и исторических условий (климата, характера потребностей и ремесленных навыков, материалов, обычаев и вкусов, религиозного чувства). Наивность многих выводов (толщина церковных стен объясняется холодным климатом, особенности сознания сведены к патриотизму и вере и т.п.) и другие недостатки книги были обусловлены неполнотой данных и тем, что её автор никогда не видел тех памятников, которые описывал. Понимая это, часть русских учёных (Владимир Иванович Даль и Николай Владимирович Султанов) приветствовали книгу, особенно в отношении функционального и конструктивного анализа. Другие труды Э.Э. Виолле-ле-Дюка, переведённые на русский язык до революции (например, «История рисовальщика». СПб., 1882 г.; «Об украшении зданий». М., 1903 г.), имели умеренный успех в отличие от изданной Академией архитектуры книги «Беседы об архитектуре» (М., 1937–1938 гг., два тома), до сих пор имеющей значение для историков и практиков-архитекторов.