В 2001 г. в Виннице начала работу городская ассоциация православных медиков. Общины городских храмов опекали детские дома, дом престарелых, помогали малоимущим прихожанам. Епархия принимала активное участие в областных и городских социальных благотворительных проектах. В 2002 г. были открыты пастырско-богословские курсы, посещение которых являлось обязательным для священнослужителей епархии. При общине во имя священномученика Владимира (Богоявленского) в Виннице в 2000 г. была создана иконописная школа-мастерская, воспитанники которой проводили занятия по иконописи в детских воскресных школах города. В большинстве приходов епархии начали работать воскресные школы и библиотеки. В 2003 г. было организовано областное и городское педагогическое общество во имя равноапостольных Кирилла и Мефодия, занимающееся разработкой и внедрением курса «Основы православной культуры» в светских учебных заведениях. На 1 января 2004 г. в епархии насчитывалось 403 прихода, один женский и три мужских монастыря, в клире состояли 254 священнослужителя (240 священников и 14 диаконов), при епархиальном управлении действовали миссионерский, социальный, исторический отделы и пресс-служба. В 1996 г. в епархии возобновилось издание газеты «Подольские епархиальные ведомости», с 2001 г. издавалась газета «Одигитрия». На городском телеканале «Вита» с 2000 г. еженедельно выходила православная программа «Благовест», с 2000 г. городское телевидение транслировало рождественские и пасхальные богослужения из кафедрального собора Винницы. С июля 2003 г. на городском радио выходила в эфир еженедельная программа «Преображение». 10 июня 2007 г. Винницким архиереем был назначен архиепископ Симеон (Шостацкий; с 2011 г. – митрополит, в декабре 2018 г. запрещён в священнослужении). На 1 августа 2008 г. в Винницкий епархии насчитывалось 399 приходов, в клире состояли 298 священнослужителей. Решением Священного Синода Украинской православной церкви от 5 января 2013 г. из состава Винницкой выделена Могилёв-Подольская епархия. Этим постановлением Могилёв-Подольский, Мурованокуриловецкий, Томашпольский, Черновецкий и Шаргородский районы на юге Винницкой области были переданы новоучреждённой епархии, а к Винницкой епархии из состава Тульчинской был присоединён Казатинский район. 7 ноября 2018 г. в Киево-Печерской лавре состоялось заседание Собора епископов Украинской православной церкви. Собор принял решение не участвовать в создаваемой Константинопольским патриархатом Православной церкви Украины (ПЦУ). Единственным из присутствующих архиереев, не поддержавшим постановление Собора, стал митрополит Винницкий и Барский Симеон (Шостацкий). 15 ноября в Виннице прошло экстренное собрание духовенства канонической Украинской православной церкви, участники которого заявили о полной поддержке решения архиерейского Собора УПЦ о разрыве евхаристического общения с Константинопольским патриархатом. 14 декабря 2018 г. патриарх Варфоломей принял Симеона (Шостацкого) в юрисдикцию Константинопольского патриархата. 15 декабря Симеон участвовал в так называемом Объединительном соборе единой Украинской православной церкви, в связи с чем 17 декабря Священный Синод канонической Украинской православной церкви запретил его в священнослужении и назначил архиепископа Варсонофия (Столяра) на Винницкую кафедру.