Александрийский патриарх Тимофей II Элур был одним из знаковых лиц церковной жизни и богословской мысли второй половины V в. Будучи последовательным монофизитом, он продолжил дело своего предшественника Диоскора, защищая монофизитскую христологию: «Одна природа во Христе – единственно Божество Его, хотя Он и воплотился непреложно». Что касается человечества Христова, то Элур, продолжая и здесь Диоскора, отказывается называть его естеством или существом. Это домостроительство совершилось не по естеству, но сверхъестественно, а поэтому пречистое тело Богочеловека, хотя оно заимствовано и из общего нам человеческого естества и существа и потому единосущно нам и однородно, не есть ни существо, ни сущность подобного нам человека. Что оно не есть человеческая природа, то Тимофей Элур доказывает сверхъестественностью его рождения. Если бы это была человеческая природа, Святая Дева не пребыла бы в рождестве Девой. Это сильное ударение на моменте единосущия человечества составляет характерную черту в учении Тимофея Элура. Правда, он это единосущие утверждает лишь на основании общности Христа с нами по Его началу и, может быть, самого момента зачатия полагает уже известную ассимиляцию человечества Христа с Его Божеством (но об этом исследователи ничего не знают по недостаточности данных), но, во всяком случае, Тимофей Элур отмечает собой уже ту стадию монофизитства, когда оно порывает свой первоначальный, поддерживаемый Диоскором, союз с евтихианами. Уже Иерусалимский антипатриарх-монофизит Феодосий (452–453 гг.) принял почти за оскорбление, когда евтихиане вздумали считать его своим сторонником, и вёл с ними прения так же, как и с «синодитами» (т.е. «халикидонитами»). Равным образом и Тимофей Элур, когда в 476 г. константинопольские евтихиане прибежали к нему, как к союзнику, объявил им, что Бог Слово единосущен нам по плоти, и отослал их обратно. Монофизиты усматривают в этом учении о единосущности Бога Слова с нами по человечеству столь существенное отличие от евтихианства, что нисколько не скупятся на анафемы Евтихию и его последователям. Исследователи находят замечательным и отношение Тимофея Элура к Кириллу Александрийскому. Он сознал невозможность оправдать монофизитскую доктрину по сочинениям Кирилла и обвиняет его во внутреннем противоречии. Признав единство Бога Слова воплощённое, в других местах Кирилл Великий учит о двух естествах, объявив, что Сам Бог Слово пострадал за нас плотью, он в других местах уверяет, что страдания никоим образом нельзя приписывать Его Божеству. Таким образом, отрёкшись от Евтихия, Тимофей II Элур отрекается и от претензии быть исключительным продолжателем дела Кирилла Александрийского. Имперские репрессии его не сломили, но напротив, подвигли к активной апологии антихалкидонского учения. Именно в ссылке он написал большую часть своих трудов. До нас дошла лишь небольшая часть, всё больше в виде цитат, переведённых на армянский, сирийский и коптские языки. Греческих оригинальных текстов не сохранилось вовсе, что указывает на то, что его богословское наследие было уничтожено халкидонитами Византийской церкви. Наиболее значительным и целиком сохранившимся (благодаря армянскому переводу) трудом Тимофея II Элура является «Возражения к определениям собора в Халкидоне». Этот труд является основательным и важным источником по вопросам внутрицерковной жизни той эпохи, по вопросам борьбы за вероисповедание. В нём излагаются исторические события, произошедшие вокруг Соборов в Эфесе (449 г.) и Халкидоне (451 г.), рассказывается о гонениях против несогласных с имперской политикой насаждения халкидонизма и другие факты. «Возражения…» демонстрируют официальную позицию Александрийской церкви, отстаивающей учение своей богословской школы против христологии Халкидона. Именно эту цель излагает Тимофей II Элур в предисловии к своей книге: «Свидетельствами святых и православных отцов, проповедующих истинное учение Бога, отвергнуть томос Льва и определения собора Халкидонского». Произведение разделено на две части, первая из которых посвящена томосу (определению) папы Римского Льва I Великого, а вторая – определениям Халкидонского собора. «Возражения к определениям собора в Халкидоне» представляют для исследователей огромный интерес в контексте патрологии и ересиологии, давая обширную подборку и святоотеческих цитат (прежде всего, Кирилла Александрийского), и цитат из работ известных ересиархов (Павла Самосатского, Феодора Мопсуестийского и Нестория Константинопольского).