Возведение башни привело к многочисленным поломкам фасада: появились трещины, а роза, созданная Жаном Пьером в 1370 г., чуть было не разрушилась полностью. Восстанавливал центральный портал в 1508–1511 гг. Рулан Ле Ру. Оформление портала и его барабанной полости было поручено Пьеру де Обо. Шпиль готического происхождения XIII в., известный как «игла», сгорел в пожаре 5 октября 1514 г. В следующем году Рулан Ле Ру объединил купол и добавил этаж, подготовив появление нового шпиля. Проект каменной стрелы был отклонён, зато плотник Робер Бек сделал деревянную стрелу в стиле Ренессанс – в виде пирамиды, покрытой позолоченным свинцом (в 1538–1557 гг. её подняли до отметки в 128 м). Практически сразу после этого (в 1562 г.) Руанский собор был разорён гугенотами (недостающие статуи – свидетельство этого смутного периода). Могилы герцога Бедфорда и кардинала Эстутвиля были разрушены, статуи святых и архиепископов на фасаде обезглавлены. Неприятности для собора продолжились и в XVII в.: ураган 1683 г. опустошил западный фасад, разрушил окна и три башни из четырёх (которые разорвали своды и разрушили орган). Но щедрые дотации от короля Франции Людовика XIV (1643–1715 гг.) позволили восстановить всё, что было разрушено. В 1736 г. глава Руанского собора затеял новую переделку: хор был снабжён новым алтарём, произведением Картоля (установлен 14 декабря 1734 г.). Простенок центрального портала был разрушен, чтобы оставить переход к процессионному балдахину. Латунная ограда, которая окружала хор с 1526 г., была заменена сетками позолоченной меди. Амвон XIII в. исчез в 1772 г. и в 1775 г. был заменён мраморным классическим амвоном, произведением архитектора Гийома-Мартена Кутюр. Во время Французской революции Руанский собор стал храмом Разума. Хотя колокола были разбиты, но собор сохранился, поскольку часовни Богородицы использовались в качестве сеновала, а остальная часть здания служила концертным залом. Здание вновь получило статус собора в 1796 г. Но очередная молния 15 сентября 1822 г. сожгла стрелу в стиле Ренессанс. Архитектор Алавоин предложил построить чугунную стрелу в готическом стиле. В 1825–1884 гг. были установлены четыре медные колоколенки (произведения Фердинанда Марру, выполненные по чертежам Бартоломея). В течение XIX в. были предприняты различные восстановительные работы (их вели Алавоин, Бартоломей, Десмарест и Соважо). В XX в. реконструкция продолжилась под руководством Шена, Колина и Уврея. Собор получил сильные повреждения в 1944 г. при бомбардировках Руана союзниками: 19 апреля сильно повреждён неф и капеллы (попали семь бомб, шесть из которых взорвались), а после бомбардировки 1 июня 1944 г. от изначальной постройки остались лишь стены. Во время сильной бури в декабре 1999 г. была повреждена колокольня. Ныне Руанский собор, как и значительная часть высоких зданий нормандской готики, имеет «башню-фонарь» на стыке трансепта и нефа. Увенчанный шпилем из чугуна он поднимается на высоту 151 м и является самым высоким собором во Франции (до 1880 г. собор был самым высоким зданием в мире, пока не был достроен 157-метровый Кёльнский собор). Руанский собор, монастырь и здание главы ещё в 1862 г. включены в список охраняемых государством памятников истории. Архиепископство, бывший отель Эстутвиля и двор управления Сент-Эвод были включены в этот список 6 февраля 1909 г. Дом Творения был объявлен охраняемым памятником 17 ноября 1927 г., а археологические остатки архиепископства и церковь Мадлен попали в список памятников истории 10 мая 1995 г. В 1890 гг. Клод Моне создал цикл картин (50 полотен), на которых собор представлен при различном освещении, в разных погодных условиях и в разное время дня. Они написаны с трёх разных точек, что даёт три разных угла зрения на виды собора. Некоторые из этих полотен были завершены в мастерской художника в Живерни. А в 1969 г. Рой Лихтенштейн создал свой триптих «Руанский собор».